元代，我国傣族聚居的大部分地区，已进入了封建领主经济的社会形态。元世组忽必烈在云南开创土司制度后，傣族封建领主的世袭统治制度得到了中央政府的法定认可，从而使傣族社会内部在经济、政治、文化等方面，获得了相对的独立和稳定，这种社会状态一直保持到清代。上述这一较为封闭的社会环城，更加之地处边远交通不便的地理因素，这是傣医学作为一种独特的传统医学体系得以长期保存和发展的历史环境。
傣医学在经历了漫长经验医学积累的过程后，至元代已逐渐地向理论医学阶段过渡。出现了有文字记载于贝叶上的具有系统医学理论的典籍及临床医书，对于元代以后傣医学理论的形成，与这一时期中佛教文化在傣族社会内的传播有着十分密切的关系。
傣医学理论形成的另一重要因素是傣文的出现。傣族传统医学随着傣文的发明，已从对疾病的感性认识向理性认识的阶段过渡，其医学经典理论，多混于经书之中，如《巴利藏经》中的“三比达嗄”。《经藏》中的“苏典打”，《律藏》中的“惟乃”。《论藏》中的“阿毗倘玛”等都是有关傣医学理论的记载。其中尤以“阿毗倘玛”记载最多。而有关系统论述傣医学基本理论的第一部专著，则是《嗄牙桑卡雅》。
《嗄牙桑哈雅》是傣医学的理论基础。该书阐述了傣医学对人体生理解剖学、胚胎学的认识，人与自然的相互关系，在论述组成人体的要素以及与自然的关系是，世界是由风、火、水、土(傣语为塔、都、档、西)组成的，人体内也是由这四种基本元素所组成。人体的健康，即是体内四种元素自身的平衡并与外界四种元素平衡的结果，而一旦四种元素的平衡失调，就会发生疾病。如火盛则发烧，水盛则浮肿，风盛则四肢震颤，而土盛会出现冰冷，在对待人与自然，疾病与环境的关系上，傣医学根据傣族所生活的热带和亚热带气候特点，结合傣历一年三系，每系四个月的季节划分(傣历的三月相当于公历的一月)，得出了当地冷季、热季、雨季三个不同季节的发病规律和疾病特点。
傣医学中另一部值得提及的临床经典专著为《档合雅龙》，该书产生于公元1323年，全书在总结傣医临床实践的基础上，结合《嘎牙桑卡雅》的理论基础，论述了傣医关于人体肤色与血色，药性与肤色，年龄与药力药味的关系，运用相生相克的辨证法来指导疾病的诊断与合理用药。该书可为傣医学临床的经典专著。
傣族聚居地热带、亚热带的地理气候环境为傣医学提供了极为丰富天然药物来源，更有当地特有的野生动、植物药物。建立在理论基础上的傣医学，临床用药约有一千余种，可分为植物、动物及矿物三大类。按其药物的性质和作用可分为热性药(傣语称雅黄)；凉性药(傣语称嗄因)：平性药，按药性又可分为酸、甜、咸、苦、麻、辣、香等七味。在药物使用上按照傣医的理论，使用复方组成，一方少则二，三种，多则三十余种药物不等，有专方治病的，也有一病数方的。
关于傣医学临床实践的记录则是大量散播于民间的医学手稿，这种手稿称为《旦哈雅》、《丙利雅》，医学手稿记录和总结了傣医们长期以来积累的，对其傣医学理论实践的经验和认识；有趣的是，傣族社会内（解放前）并没有专职的傣医，傣族青少年进入佛寺当和尚。在佛寺生活的数年间，在接受宗教教育的同时，不仅学习了傣文，而且获得了本民族的传统文化，这其中含有傣医学的基本理论知识。还俗后，一些对医学感兴经的人，凭着从佛经中所获得的傣医理论，再运用流传于民间的医药手稿，而从事业余的医疗活动。这种医药手稿从而得到不断的相互传抄，在传抄中又不断地加以各自的补充、修订。随着时间的推移而丰富其手稿的内容，这种医药手稿从不署传抄者的姓名，这是因为对信奉佛教的傣族社会来看，傣族医药既然是佛主所创造的，在手稿上署上自己的姓名，是对佛的极大亵渎，这是不能允许的。
从上述关于傣医学简要历史，可见傣医学理论的出现约在元代，可以认为，傣医学是印度医学、汉族医学与傣族本民族医学三者有机融合在一起的独特民族医学体系。
