(一)太医院的设置
朱元璋自称吴王之初(1364)，即仿元制设置全国性的医药行政管理机构——医学提举司。司中设有：提举、同提举、副提举、医学教授、学正、官医和提领。吴三年(1366年)，改医学提举为太医监，设少监(正四品)、监远(从五品)。洪武元年(1368)，仍设太医院，职官设置亦无大的变动。当时无御医一职，洪武六年(1373)始设御医。
(二)南北两京太医院
明代太医院分为南京、北京两处。
洪武元年(1368)，南京太医院设有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年(1381)改设太医令1人，太医丞1人，吏目1人，御医4人。洪武二十二年(1389)，又改太医令为院使，太医丞为院判。永乐十九年迁都北京后，南京太医院仅设院判、吏目各1人，掌管医事，下设医士和医生。同时于北京建太医院，设院使1人，院判2人，御医4人(后增至18人)，吏目1人。隆庆五年(1571)设御医10人；吏目10人，下设医官、医生、医士若干人。
两京太医院均设有生药库，设大使、副大使各1人，掌管药物。每年药材由产地派人解纳，按药材的质量、炮制、燥湿程度分类。由太医院御医和药库大使辨验入库，礼部派人监放并登记造册，一式两份，一留太医院备案，一送礼部查考。生药库年入库量很大并逐年增加。
(三)太医院的分科
明代太医院分为13科，即大方脉、妇人、伤寒、小方脉、针灸、口齿、咽喉、眼、疮疡、接骨、盎镞、祝由、按摩，同元代13科相比，风科改为伤寒，金疮分为金镞和疮疡两科，杂科改为按摩，取消了禁科，较前代更适合临床需要。
太医院要求御医以下各专一科。隆庆五年(1571)太医院有御医、吏目共20人，统领13科，每科由一到数名御医或吏目掌管，下属医士和医生，各科御医或吏目人数为：大方脉5人，伤寒4人，小方脉2人，妇人2人，口齿、咽喉、疮疡、正骨、痘疹、眼科、针灸各1人，下属医士医生70余名。
(四)太医院的职能
1、医疗保健
太医院御医以上每天分两班在内府御药房值班，为皇帝及内宫嫔妃服务。遇皇帝出巡，太医院医官作为随行，沿途为皇帝、随行官员和侍卫作保健服务。
各亲王府、藩王府及接待外宾的会同馆均设有医官，他们遇有疑难病症，常向太医院请求医药方面的帮助。明代规定，各王府请医，不能直接向太医院提出，须上奏皇帝，经批准后由太医院奉旨派遣医官或医士前往诊治。文武大臣及外国酋长有病，太医院亦奉旨往视，将治疗结果具本覆奏。发现疫情，太医院有向军队、监狱、边关隘口等处派遣医官治疗的任务。
2、医官的任免与派遣
全国各府、州、县的医学机构中的医官，均由太医院考核委派。《明史·职官三》载，全国各府、州、县的惠民药局，边关卫所等处所设医官、医士、医生，俱由太医院派遣，年终考查其功过，以为升迁任免之据。据《古今医统大全》卷三记载，明太医院外遣医官达150人。
