一、清末时期（1911年以前）的西医研究机构在1911年以前曾出现过一些小规模的西医研究机构，主要如下：
1884年，上海设立卫生实验室，从事霍乱病研究；1892年，香港设立天花疫苗的研究所；1905年，香港设立细菌学研究所；1908年，唐山设立传染病隔离医院和实验室；1909年，成都设立法兰西细菌学研究所。但对这些机构的记载非常有限，关于它们的人员、设备及研究工作都缺乏了解。
二、民国时期(1912～1949)的西医研究机构
民国以后，随着近代教育和科学在中国得到一定的发展，在各地建立的高等学校中，不少设有医学院系，并开展一些研究工作。北洋政府也设立了一些科学和医学研究机构，如中央防疫处。1927年国民党南京政府成立后，国内形势曾一度趋向稳定，为了发展学术研究，由政府设立了中央研究院、北平研究院等国立学术机构。同时，按《增订教育行政大纲》规定，在大学中当设立研究院，其宗旨在于：“招收大学本科毕业生研究高深学术，并供给教员研究便利”。其设置：“1.大学得设研究院；2.独立学院得设研究所”。于是，很多学校先后设立了医学方面的专门研究机构。来华的外籍医学学者和其它人士也在中国建立了一些医学研究机构，如巴斯德研究院、雷氏德研究所等。
国立专职研究机构
(1)国立中央研究院：国立中央研究院最初设立于1928年。先后设立数学、物理、化学、医学、药物学等二十三个研究所。医学研究所筹备处所计划从事的研究工作分为六个部分：生物生理学、生物化学、生物形态学、药物化学及治疗学、免疫学、心理医学。院士有：生理学林可胜、汤佩松、冯德培、蔡翘；医学：李宗恩、袁贻谨、张孝骞；药学：陈克恢；人类心理学：吴定良、汪敬熙。曾经进行的研究课题有：(1)斯氏结扎后心跳之暂时停止是否由于迷走神经作用；(2)膈神经中枢之越过现象；(3)肌肉蛋白质之结晶、磷酸酶之结晶；(4)胃溃疡新药阿美金(Amigen)对胃分泌的作用等。
(2)国立北平研究院：国立北平研究院于1929年在北平成立，前后共设物理、化学、生理学、药物等8个研究所，1936年后由于日军入侵华北地区而各自撤离北平。①生理学研究所于1929年10月设立，由经利彬任所长。其主要研究工作有：从事动物生理学研究机和对中药之药理效能研究；对中国北方食物与北方人血中磷钙质含量之间的关系的研究等。②药物研究所成立于1932年9月，赵承嘏为所长。主要研究工作：主要以理化方法对天然药物进行有效成分分析、提取及药理作用鉴定，并以药物的有效成分制成制剂。所内设有化学研究部、药性部、制造部。
(3)中央防疫处于1919年3月在北京成立，1935年12月迁至南京，1937年8月后辗转迁到昆明，1945年复员回北平。中央防疫处分为三科，第一科下设疫务和经理两股，负责防疫计划和行政管理；第二科下设研究和检诊两股，负责对各种传染病进行细菌学免疫学研究和临床标本的检验诊断；第三科下设血清、疫苗、痘苗三股，负责生物制品的制造、保管机管和实验动物管理。
中央防疫处内设有血清室、生化室、疫苗室、痘苗室、狂犬疫苗室、接种室等。主要技术职员曾在欧美等地受过专门训练，在技术力量和实验设备方面均列当时全国之首。中央防疫处为预防和控制我国传染病流行而设立，主要职责在于从事对传染病的细菌学研究和进行各种生物制品的生产，大部分产品质量好，疗效可靠，在国内外颇受好评。
〔4)热带病研究所：1928年7月民国政府教育部在杭州西湖钱王祠设立热带病研究所，这是我国早期重要的热带病学专门研究机构，其研究组织分有病理学、细菌学、寄生动物学、医化学、药化学、动物学等部，另有血清疫苗制造及临床治疗两个部门，由汤尔和担任所长。主要研究工作有：对杭州地区疟疾发病情况的调查，肥大吸虫透视标本制作法，疟原虫在宿主细胞内的斑点染色法，恶性疟疾的治疗，萧山地区居民肠道中各种姜片虫的调查，霍乱菌在国产茶、酒等饮料中存活能力的调查，嗜酸性白细胞的黄色呈现法试验等。
主要的私立医学研究机构
(1)雷氏德医学研究所：1929年5月，来华的英国商入雷氏德(LesterH．)在上海去世，他将1700万两留给雷氏德信托会创立了雷氏德医学研究所。1932年秋，雷氏德医学研究所实验室大楼在上海建成，设有生理学部，由伊博恩领导，从事生理学、营养学及对中药的研究。病理科学部，从事细菌学、血清学、寄生虫学、昆虫学等研究，曾从事的研究工作主要有对血吸虫病、华枝睾吸虫病的病理学研究。
(2)巴斯德研究院：1923年，在拉斯瑞(Lassoarn)医师的领导下，在天津法租界内巴斯德路设立了巴斯德研究院，从事狂犬病防治及细菌学、血清学的研究工作。
医学院校中的研究机构
除独立的研究机构外，一些医学院校也设立有研究机构，如国立中央大学医学院先后设有解剖、生理、生化、药理、病理、细菌学、寄生虫学、公共卫生、法医等学科科室及研究所。曾开展的主要研究工作有：心血管生理学研究，损伤性视网膜淋巴渗漏病研究，中国北部之沙眼，脑炎病毒及牛痘病毒滤过性的研究，狂犬病毒的补体结合研究，痘苗病毒的离心分离实验，沙眼病原体研究，肺吸虫病，梅毒，上海中国学生之身高、体重及其与神经的关系的研究等。国立同济大学医学院内设病理、药理、细菌、生理、生化、解剖等基础学科，每科内均设专科研究馆。1940年迁入四川南溪县后，设立细菌研究所。国立北平大学医学院1941年成立的中药研究所，对中药进行形态学鉴定、分类，成分分析及药理作用探讨。国立台湾大学医学院设有热带医学研究所，热带医学研究所分化学科、卫生学科、热带病学科、营养学科、细菌学科、国药学科共六科，另有士林、台中、台南三个支所，其中士林支所制造血清疫苗，产品有各种血清、疫苗共30多种，国立沈阳医学院设立解剖、生理、病理、细茵、药理、内科、外科、放射线科八个研究所。
北平协和医学院拥有较好的研究条件，逐渐设立了解剖学系、生理学系、生物化学系、药理学系、细菌学系、寄生物学系，各个系的研究工作都有较大的成绩。如生理学系研究工作颇为出色，主要有消化生理学研究，神经生理学研究，延髓中心血管调节中枢研究，北京鸭之脂肪代谢研究等。药理学系陈克恢对麻黄素的研究闻名于世，其后，ReadBE．、赵承嘏在此从事对中药生理作用的研究。病理系长期从事对黑热病研究，最终证明其病原体为利什曼原虫，以白蛉为传播媒介。寄生物系对中国当时广泛流行的多种寄生虫病进行了深入的研究，研究其病原体形态、生活史、中间宿主、感染途径、病理变化，成绩斐然。
