(一)单味药材的考证
40年来通过本草学考证澄清市场上混乱的品种已超过200多种。如有人曾考证威灵仙天古本草记载中最早是玄参科草本威灵仙，最近又有人从唐贞元年间“威灵仙传”的有关记载为依据，考证出毛莨科铁线莲赂植物是历史上最早药用的威灵仙品种，而不是始自清代的《植物名实图考》，从而为《中国药典》收载铁线莲属植物作为正品威灵仙，提供了早期文献学的依据。传统的药用白头翁乃是毛莨科的白头翁，《植物名实图考》上的白头翁则是菊科泽兰属植物，《滇南本草》上收载的一支箭又名白头翁。
目前所用的功劳叶是冬青科构骨的叶，只有少数地区应用的是小檗科十大功劳属植物的叶。经考证本草，唐《本草拾遗》、明《本草纲目》中的均以构骨叶入药，至清代始混入十大功劳之名；《植物名实图考》收载的功劳叶图为小檗科十大功劳及狭叶十大功劳，其描写也似十大功劳属植物的叶而非构骨之叶，为构骨叶作功劳叶查找到了古代本草依据。
巴戟天用药混乱，有的地区用木兰科植物铁箍散的根香巴戟用。考证本草所收的归州巴戟即香巴戟，而正品的茜草科巴戟天是近代才发展起来的。
葶苈子在商品中有十字花科多种植物种子，经考证古代本草收载的就是目前认为正品独行菜的种子。并建议将Lepidium属的中文名译名由“独行菜属”改为“葶苈属”，将Draba属的中文名由“葶苈属”改为“和葶苈属”为宜。
秦皮商品药材目前有岑属植物的树皮及核桃楸皮，经本颧考证认为本草收载的秦皮为木樨科岑属植物皮，水渍之有蓝色荧光的树皮。汉代高诱在《淮南子》注文中对秦皮荧光现象的记载以，唐《新修本草》将这种荧光观察应用于秦皮鉴别的记载，对世界荧光历史的研究，提供了有价值的史料；胡桃科的核桃楸皮作为秦皮是清代中期以来的历史误用，属混伪品，不能作秦皮入药。
皂荚与猪牙皂的关系，后世众说纷纭，认为是同一种树上不同发育条件下形成的不同形态的皂荚，同时澄清了《新修本草》谓“此物有3种”的含义是相同的。即同在一株皂荚树上，即有大、中、小3种不类果实。本草所指的“形如猪牙”“长尺二者”、“长六七寸”，园厚节促直者3种类型与现今民间所称的“牙皂”、“糠皂”和“肉皂”3种不同果实的皂荚正相符合。
古代所答罗晃子或罗望子应该是梧桐科植物苹婆的果实，即中药凤眼果，而不是豆科植物酸角，建议不应再将“罗晃子”、“罗望子”、“九层皮”等名称收作酸角的别名。Tamarindus当称为“酸豆属”而不是罗晃子属，以澄清“罗晃子”的名实混乱。
木兰科植物的望春兰的花蕾为本草最早辛夷使用品种之一，初在陕西，后发展到河南，现今产量最大，为主流商品；玉兰汉代就作辛夷使用；淡紫玉兰为本草中记载的树高数仞、花白色带紫，主于长江流域的品种，亦为早期使用辛夷品种之一，《植物名实图考》提到玉兰分紫瓣、白瓣二种，紫瓣玉兰即指淡紫玉兰，紫花玉兰始载于《本草衍义》已不见于商品中，我国部分地区有零星栽培，供作观赏，不宜再称其为“辛夷”。
20世纪以前，中药半夏的原植物是天南星科植物半夏，而前人曾将道地药材“齐州半夏”（主于山东省历域县）误考为只分布于日本的三裂叶半夏，同时证明古代本草中常混为半夏的“由跋”是同属植物虎掌的幼小块茎，而不是天南星属植物（Arisaemaringens）。
古代本草记载的细辛主流品种本身就在变迁，除华细辛、辽细辛外，细辛属的其它植物在古代就有作细辛或土细辛的历史。古代本草记载的杜衡，可能还有细辛属的其它植物，至少包括小叶马蹄香，用细辛属植物补充中医习用的细辛类资源，具有广阔的前景。
考证古本草钩吻，从古人对钩吻所描述的治疗作用，中毒症状和杀虫方面来分析，认为本草中的钩吻，应包括马钱科的胡蔓藤，卫矛科的雷公藤等，而以雷公藤较为对号入座。本草所载防风的植物，除现今所用正品防风外，可能包括华山前胡和泰山前胡，珊瑚菜为古本草所载防风代用品石防风的一种。
沙参和荠尼的本草考证，认为古本草中的荠尼应是杏叶沙参的别名，而非A.trachelioides。从历代百余篇医药文献中记载阿胶名称和煮胶所用的动物皮的演变情况，追溯其最早用于制胶的原料“乃煮牛皮作之”，这种以牛皮制胶称为驴皮胶，见于八世纪以后的文献，此后文献就较普遍地在“阿胶”一名下同时纲载黄明胶、驴皮胶等名称。说明了古代不同时期用于制胶的动物基原是有变化的。
《本草经集注》的诺藤，《本草拾遗》的大匏藤，《海药本草》的含水藤，就是《本草纲目拾遗》的买麻藤。通过对《本草原始》所载刘寄奴图文的考证，认为其基原即为玄参科阴行草，从而找到了阴行草在北方作刘寄奴药用的本草依据。40余年来，在国内学术杂志上发表的已经考证的本草药品有一百余种。
(二)植物品种考证
40年来应用现代植物分类学方法整理古本草，在药物品种考证上取得了显著成绩，谢宗万的《中药材品种论述》（上、中）对150种（组）常用中药都进行了本草考证。江苏植物研究所著《本草整理资料》对39种中药进行了考证。《药材学》、《中草药学》、《中药志(Ⅰ～Ⅴ)卷》、《中药检定手册》、《新华本草纲要》等在药材的“历史”项目也有粗略的考证。黄胜白、陈重明的《本草学》（1988）收载了本草考证的文章52篇。此外，对《植物名实图考》中若干药用植物品种进行考证，并提出不少正误的意见。有人还对《图考》中18种无名种植物进行考订。杭悦宇等考证了《图考》记载97种同名异物植物，确认两种同名的84种，三种的11种，四种的2种，为不同科植物的31种，同种重复的16种，引《救荒本草》图的同名植物7种，有数种名实不符的植物。吴征镒、杨竟生对《本草纲目拾遗》中品种进行了系统的考证。尚志钧对《五十二病方》中药物及《神农本草经》中部分品种进行了本草考释。
近10年来，采用多学科综合对常用中药进行系统的研究，得到国家的重视，国家医药管理局和中医管理局先后在“七五”和“八五”期间，组织全国医药科研和教学单位作攻关重大项目“常用中药的品种整理与质量研究”，对每和药物规定的10项研究指标中，就将“本草考证”独立为一项，现已完成中药的本草考证220种。该成果已于1991年、1995年由国家中医药管理局验收。
