针对传染病的控制，各有关部门要通力合作。传染病防治法明确规定：铁路、交通、民航部门必须优先运送卫生行政部门批准的处理疫情的人员、防治药品、生物制品和器械。传染病防治法实施办法也规定，交付运输的处理疫情的物品应当有明显标志，铁路、交通、民航部门应当保证用最快通往目的地的交通工具运出。
传染病防治法实施办法规定，在传染病暴发、流行区域，当地政府应当根据传染病疫情控制的需要，组织卫生、医药、公安、工商、交通、水利、城建、农业、商业、民政、邮电、广播电视等部门采取预防、控制措施，其中包括：供应用于预防和控制疫情所必须的药品、生物制品、消毒药品、器械等；保证居民生活必需品的供应。
对于违法的单位和个人，传染病防治法明确了法律责任：拒绝执行卫生防疫机构依照本法提出的预防、控制措施的，由县级以上政府卫生行政部门责令限期改正，可以处以罚款；有造成传染病流行危险的，由卫生行政部门报请同级政府采取强制措施。引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，比照刑法规定追究刑事责任。
传染病防治法实施办法中也规定了罚则。传染病暴发、流行时，妨碍或者拒绝执行政府采取紧急措施的，对控制传染病暴发、流行负有责任的部门拒绝执行政府有关控制疫情决定的单位和个人，县级以上政府卫生行政部门报请同级政府批准，对单位予以通报批评，对主管人员和直接责任人员由所在单位或者上级机关给予行政处分。
