通知指出，中日友好医院作为国家中西医结合医疗中心的主要医院，负责医疗中心的日常运行和管理，投入一定的工作资金和专人，确保医疗中心按照职责和任务开展相关工作。据了解，国家中西医结合医疗中心将充分发挥现有优势，进一步整合资源，建设中西医结合医疗、教学、科研管理平台，通过中西医结合困难危重诊断治疗系统，示范中西医结合临床技术，培养中西医结合学科领导和技术骨干，解决重大公共卫生问题，探索建立中西医合作创新管理机制，形成具有中国特色的高水平新医学。
中日友好医院自成立以来，一直坚持“现代医院示范、中西医结合基地、对外交流平台”定位，始终坚持中西医并重，坚持中西医融合协调，不断整合中西医结构和现实基础，坚持中西医结合“真实世界”积极整合和完善实践“西学中”与中医标准化教育体系相结合，创新构建中西医结合人才培训模式，建立传统与现代医学相结合的诊疗路径，探索中西医结合的研究创新转型，形成有机制、团队、措施、有效的运行体系。
