根据《办法》，专项资金主要用于支持江苏省中医药事业的发展，包括完善中医药服务体系，提高中医药服务能力；加强中医药人才培养和科学研究；支持中医药传承发展和文化传播；促进公立中医药医院综合改革发展；符合中医药发展宗旨的其他相关费用。省财政厅、省中医药管理局要研究制定中医药发展投资政策。
在专项资金分配方面，《办法》明确规定，专项资金分为市县转移支付资金和省级单位补贴资金，采用因素法与项目法相结合的方式进行分配。市县转移支付资金分为工作任务资金和评估资金，其中工作任务资金采用因素法分配，主要考虑常住人口数量、绩效考核结果和重点工作等因素；评估资金采用项目法分配。省级单位补贴资金分为省级公立中医院综合改革资金、工作任务资金和评估资金，其中综合改革资金采用因素法分配，主要考虑补贴基数、补贴比例、调整系数、绩效系数等因素；工作任务资金采用因素法分配，主要考虑各单位绩效考核结果、省级重点中医药年度任务量等因素；评估资金采用项目法分配。市县财政部门应与同级中医药主管部门结合同级财政资金安排，统筹使用专项资金，收到专项转移支付后30天内分解到位。
《办法》要求各级中医药管理局加强绩效管理和监督，开展绩效目标运行监控、绩效自我评价和成果应用，并按规定向省中医药管理局、省财政厅、省财政厅抽查绩效自我评价结果，生成绩效评价结果，为政策调整、预算安排和改进管理提供重要依据。
《办法》还细化了省财政厅、省中医药管理局、各级财政部门、各级中医药主管部门、专项资金用户和个人在预算编制、资金使用管理、绩效监督管理等方面的职责分工。
