2008年9月19日9点38分，长春中医药大学建校50周年庆典在净月校区体育场隆重举行。全国人大常委会副委员长桑国卫为校庆题词：“启古纳今，厚德精术”。校庆前夕，吉林省人民政府省长韩长赋于9月16日专程来长春中医药大学视察，对学校工作给予充分肯定和宝贵指导，并为学校五十年华诞题词：“艰苦创业，与时俱进，春华秋实，桃李芬芳”。国家教育部、国家卫生部为校庆发来贺信。
中共吉林省委常委、省委秘书长房俐，国家中医药管理局副局长于文明，吉林省人大常委会副主任刘润濮，吉林省人民政府副省长陈晓光，吉林省政协副主席别胜学，吉林省人大常委会原副主任刘淑莹，吉林省纪委原书记冯锡铭，吉林省人民政府原副省长高文，吉林省政协原副主席闫洪臣，国家发改委发展规划司司长李守信，全国著名老中医、国家医学“白求恩奖章”获得者、长春中医药大学终身教授任继学及上级有关部门领导、省内外各高校的领导、科研院所的领导、省内外各企事业单位的领导、学校教学实习基地的领导、广大校友、国际友人和各新闻单位的朋友出席庆典。
大会开始前，学校党委副书记周立向大会介绍了参加庆典的领导、嘉宾。学校党委书记陈海英同志主持庆典，宣布庆祝大会开幕。校长王之虹致词，他代表学校万名师生员工向莅临庆典的各级领导、来宾、海内外朋友和校友们表示热烈欢迎和衷心感谢，向50年来艰苦创业，治校立训，辛勤耕耘，默默奉献的老领导、老专家、老教授和全体师生员工致以崇高的敬意。他指出，50年校庆是新老长中人激情的盛会，是广邀四海宾朋、共话友谊的盛会，是促进学术交流的盛会，是凝聚力量、明确目标、共谋发展的盛会。50年校庆是成果的检阅，是发展的里程碑。走过了五十年光辉的历程，今天的长春中医药大学又站在一个新的起点上，向新的更高目标迈进。全面振兴中医药事业，提升中医药对民族复兴的贡献，是我们这一代中医药人肩负的历史责任。建设在国内同类院校一流、在国际上有一定影响、具有鲜明办学特色的中医药大学是我们几代人的战略目标。我们要以校庆为契机，继续解放思想，不断增强学校核心竞争力，以服务求支持，以贡献求发展，为加快吉林省经济建设和社会发展，为振兴中医药事业，为构建和谐社会作出新的更大贡献。
陈晓光副省长代表省政府向学校全体师生员工表示热烈的祝贺。他说，50年来，长春中医药大学秉承“启古纳今、厚德精术”的办学理念，培养了大批中医药人才，汇聚了许多有影响的名师名医，形成了一批在全国居领先地位的优势学科，获得了多项教学和中医药临床研究重大科研成果。近年来，学校主动适应我省经济建设和社会发展需要，坚持解放思想，抢抓机遇，深化改革，实现了学校建设和发展的新跨越。多年来，省委、省政府对长春中医药大学的建设与发展给予了大力支持，今后还将一如既往地关心和支持学校的发展建设。他希望长春中医药大学以建校50周年为新的起点，继续贯彻落实科学发展观，坚持正确的办学方向，进一步发挥优势，突出特色，勇于开拓，锐意进取，为国家培养出更多的人才，取得更多的科研成果，为我国中医药事业和吉林省经济社会又好又快发展作出新的贡献。
国家中医药管理局副局长于文明在讲话中代表国家中医药管理局向长春中医药大学表示热烈的祝贺，向50年来为学校发展建设做出卓越贡献的各级领导、各位专家、教授和全校师生员工表示衷心的感谢和崇高的敬意。衷心希望吉林省委、省政府一如既往地支持和关心长春中医药大学的建设和发展，实施中医药强省战略，加快中医药人才培养的步伐。同时，希望长春中医药大学以50年校庆为契机，进一步解放思想，深化改革，开拓创新，加快发展，为社会培养高素质的中医药人才，努力建设成国内同类院校一流、国际上具有一定影响、办学特色鲜明的中医药大学，开创中医药事业更加灿烂的明天。
庆典仪式上，北京中医药大学校长高思华教授代表兄弟院校致词，美国华盛顿大学医学院简•迪•卡林教授代表国际友人致词，长春中医药大学83届毕业生、中国人民解放军沈阳军区总医院院长孟威宏大校代表校友致词，长春中医药大学针灸推拿学院院长、博士生导师、全国优秀教师王富春教授代表长春中医药大学教师致词。
下午，校友们参观了校园和附属医院，并进行了联谊活动。夜晚，在净月校区体育馆广场举行了校庆文艺晚会和焰火晚会。
校庆期间，学校举办了多场次高水平的学术活动。中华中医药学会第九届全国内经学术研讨会、全国高等中医药院校教学管理研究会教材学科组年会、中国针灸学会针灸文献专业委员会针灸诊疗规范化研究学术研讨会、中日21世纪健康论坛、中华医学会推拿专业委员会学术年会、中药现代化学术论坛、护理教育改革与发展学术研讨会、2008长春•国际医学教育论坛、中医药基础理论研究学术报告会、中医临床研究学术报告会、全国中医内科心血管病学术年会，先后在此期间召开。（作者:王兴铭）
