ApoE表型检测即可以以VLDL为样品，又可以直接以血清（或血浆）为样品，通过IEF电泳分析、双向PAGE或结合免疫印迹法进行测定。
1．等电聚焦（IEF）：由于三种主要ApoE异构体E2、E3和E4的等电点（pⅠ）分别为5.89、6.02和6.68，E4比E3多一个正电荷，而E2比E3少一个正电荷。因此，可应用1EF检测这些异构体间电荷差异而确定不同ApoE表型。传统ApoE表型检测方法多采用超速离心法或化学沉淀法分离VLDL，脱脂后进行IEF，然后进行染色分析。这种方法需要血清量较多，昂贵、费时，又需要大型设备，不适合大规模研究。ApoE异构体之间染色程度之间差异及电泳过程中泳动距离的变异性也造成结果的不稳定性。
2．免疫印迹法（immunoblotting）：血清脱脂后，经IEF电泳将ApoE与其他蛋白质分离，然后将凝胶中蛋白质转移到硝酸纤维素（NC）膜上，用抗ApoE抗体作为一抗进行免疫印迹反应或采用直接的免疫固定法，即可灵敏而特异地显示出ApoE区带的位置，从而确定ApoE表型。此方法利用抗原-抗体的特异反应，排除了血清其他蛋白质的干扰，不需超速离心分离VLDL，血清用量少，是国内外实验室检测ApoE表型常用的方法之一。但此类方法亦存在一些缺点，如对于存在与普遍异构体具有相同电荷的罕见异构体标本，或在糖尿病等病理状态时，由于转录后修饰引起蛋白质变化的标本检测时，就会给出错误的结果。
3．双相电泳（two-dimensionalelectrophoresis）
第一相应用IEF电泳将等电点不同的蛋白质分离；第二相根据蛋白质分子量不同及浓度的差异，应用SDS-PAGE进行分离，由此确定ApoE表型。此技术能解决IEF遇到的一些转录后修饰的问题，临床标本用量也很少，并且可以同时进行定性和定量分析，但由于成本昂贵而且费时，有时也难以清晰地分辨表型，故临床上应用较少。
