金元四大家各有特长，在儿科方面也各有贡献。刘完素主张用辛凉苦寒，泻热养阴法治疗小儿热病主张从正治热性病善用攻下。李呆重视凋理脾胃。朱震亨认为小儿“阳常有余，阴常不足”，以用养阴法见长。
元代曾世荣编着《活幼口议》《活幼心书》。曾氏详论初生诸疾，是中医新生儿学较早的集中论述。他议证论候翔实，对多种儿科常见病证候分类治法均作了精炼而具有指导意义的论述，如归纳惊风四证八候，提出镇惊、截风、退热、化痰治法，立琥珀抱龙丸、镇惊丸等疗惊方，均沿用至今。
明代薛铠、薛己父子精于儿科，善采众长，着《保婴撮要》。薛氏发扬五脏辨证学说，每篇首引钱乙辨证论治纲目，继陈张元素五脏相关之阐述，旁证博引，演绎成篇。他们重视脾、肾二脏，治脾宗陈文中而偏温，治肾既宗钱乙养元阴滋生化源，又效陈文中温元阳阴中求阳。《保婴撮要》论小儿各科病证221种，列医案1540则。其中论及小儿外科。眼科、耳鼻咽喉科、口齿科、肛肠科、皮肤科、骨伤科病证达70种以上，脏腑、经络辨证用药，内治、外治、手术兼施，对中医小儿外科学专科形成作出了重大贡献。
明代名医万全，著儿科专著《幼科发挥》《育婴秘诀》《片玉心书》等。他就不同阶段的儿童，提出了预养以培其元＼，胎养以保其真、蓐养以防其变、鞠养以慎其疾的“育婴四法”。
在朱震亨的基础上，系统提出了阳常有余、阴常不足，肝常有余、脾常不足，心常有余、肺常不足、肾常不足。“三有余、四不足”的小儿生理病理学说。他特别重视调理脾胃，并认为“调理之法，不专在医，唯凋乳母、节饮食、慎医药，使脾胃无伤，则根本常固矣”，有重要的临床指导意义。
此外，明代还有李时珍《本草纲目》，收集了很多治疗儿科病的药、方。鲁伯．嗣《婴童百问》，详究儿科病源与证治，论述平达，切合实用，，王肯堂《证治准绳·幼科》，集众书之长，又参以己见，内容广博。张景岳《景岳全书·小儿则》，提出了儿科辨证重在表里寒热虚实，小儿“阳非有余”、“阴常不足”，治疗上“脏气清灵，随拨随应”等观点。
清代儿科医家夏禹铸著《幼科铁镜》，认为“有诸内而形诸外”，可从望面色、审苗窍来辨别脏腑的寒热虚实，重视推拿疗法在儿科的应用。《医宗金鉴·幼科心法要诀》是清朝廷组织编写的儿科专书，条理分明，立论精当，适用于临床和教学。谢玉琼《麻科活人全书》足一部麻疹专著，详细阐述了麻疹各阶段及合并症的辨证与治疗。王清任《医林改错》汜载厂作者观察小儿尸体的解剖学资料，明确提出“灵机记性不在心在脑”的观点，阐发活血化瘀治法，介绍了该法在紫癜风、疳证、小儿痞块等病证中的应用。
陈复正是清代儿科名家，著《幼幼集成》。他倡导指纹诊法，概括了指纹诊的方法和辨证纲领。《幼幼集成》除采用脏腑辨证外，更重视八纲辨证在儿科的应用，陈氏创制厂集成八方，沿用古方，还大量收录各类简便方，使该书更具实用价值。
吴瑭不仅是温病大家，在儿科方面也卓有成就。他鲜明地提出“小儿稚阳未充、稚阴未长者也”的生理特点，易于感触、易于传变酌病理特点，稍呆则滞、稍重则伤的临床用药注意点。论小儿温病，六气病因，三焦分证，治病求本，与叶桂的卫气营血辨证学说相辅相成。
明清寸期，天花、麻疹等时病流行，儿科在产；生大量痘、麻专著的同时，应用人痘接种预防天花已广泛传播《博集稀痘方论》（1577年）载有稀痘方，《三冈识略》（1653年）载有痘衣法。俞茂鲲《痘疹金镜赋集解》（1727年）说，在明隆庆年间（1567—1572年），宁国府太平县的人痘接种法已盛行各地。我国的人痘接种法后来流传到俄罗斯、朝鲜、㈠本、土耳其及欧非国家，成为世界免疫学发展的先驱。
清朝后期，随着西医传人我国，儿科界也开始有人提出宜中西医合参。何炳元《新纂儿科诊断学》中就在传统四诊之外，引人检诊一项，用于检查口腔、温度、阴器、便路等的变化。民同时期儿科疾病流行，许多医家寻求古训，融会新知，救治了大批患儿。例如，在治疗重症热病时，徐小圃擅用温阳药物回阳救逆，奚咏裳善取寒凉药物清热保津，就是这一时期外感病寒、温两大学派的杰出代表。
