虽然从结构上看赤藓糖醇是一种多羟基化合物，但它的分子量很小，所以在人体内及哺乳动物体内消化系统中的代谢途径方式与其他多元醇类不一样，它主要有以下特点：
低能量值（0．84kJ／g）根据日本厚生省的糖类热量评价法（平成3年卫新第71号）测定的结果，赤藓糖醇的热量值为0Kal／g。另外，据1995年10月日本厚生省发表的“食品的营养表示基准（素案）”，赤藓糖醇的热量换算系数（Kal／g）为0。
高耐受量，无副作用1．赤藓糖醇的代谢赤藓糖醇是小分子物质，通过被动扩散很容易被小肠吸收，大部分都能进入血液循环中，只有少量直接进入大肠中作为碳源发酵。然而，进入血液的赤藓糖醇又不能被机体内的酶系统所消化降解，而只能透过肾从血液中滤去，经尿排出体外。
就因为它独特的代谢特性，决定了它的极低能量值。进入机体内的赤藓糖醇中有80％通过尿排出，这部分显然不提供能量。另有20％进入大肠中，假设其中有半数（已是最大估计量）被肠道细菌发酵成不饱和脂肪酸，并被重新吸收和代谢。这样分析得知，被摄入的赤藓糖醇中最多只有10％有能量价值，为人体提供能量来源。赤藓糖醇的能量值仅为0．84KJ／g，是所有多元糖醇甜味剂中能量值最低的一种。
2．赤藓糖醇的高耐受量由于进入机体内的赤藓糖醇中有80％会迅速彻底地被小肠所吸收，避免了不吸收物质可能带来的副作用。
小肠内壁高度的不吸收碳水化合物会产生很高的渗透压，这样导致小肠壁黏膜表面产生水流，引起腹泻。而不消化吸收的碳水化合物进入大肠中，被肠道细菌发酵产生大量挥发性物质，超出了能通过血液重新吸收和随粪便排出的数量极限，故而产生了肠胃胀气。这两种副影响的程度大小还与摄取者个体的身体素质有关，严重者有时还会出现腹部痉挛和肠内翻滚现象。对于赤藓糖醇来说，由于大多能被小肠所吸收，故其耐受量很高，副作用很小。
