赤藓糖醇的高耐受量多数糖醇类化合物不易被小肠吸收，过多服用会带来两方面的副作用：腹泻、肠胃胀气。首先小肠内壁高浓度的不被吸收的碳水化合物会产生很高的渗透压，导致小肠壁黏膜表面产生水流牗waterinflux牍，故引起腹泻。其次，当这些碳水化合物进入大肠后，被肠道细菌发酵产生大量挥发性物质，超出了能通过血液重复吸收和随粪便排出的数量极限，故产生了肠胃胀气。因此，对这些糖醇的日平均摄取量通常限制在20g以内。
而对赤藓糖醇来说，80％会迅速被小肠吸收，剩余的进入大肠，又很难被细菌发酵，故其耐受量很高，副作用很小。
日本丹羽等人以小鼠为试验对象，对赤藓糖醇和山梨糖醇的致腹泻特性做了比较。麦芽糖醇、山梨糖醇和赤藓糖醇分别在摄入1g／kg、1．5g／kg和2g／kg时出现腹泻。以健康成年人为对象，一次性摄入20g赤藓糖醇不会出现腹泻，若一次性摄入50g，有33％的人出现了腹泻。
赤藓糖醇不会引起人体的血糖波动赤藓糖醇不被机体内的酶系统所代谢，不会影响正常的糖代谢。健康人以1g／kg剂量摄入赤藓糖醇3小时后，其血糖水平和血液胰岛素水平没发生明显变化。因此，它对糖尿病患者是安全的。
赤藓糖醇的非致龋齿性口腔微生物，特别是突变链球菌牗Streptococcusmutans牘不能依靠赤藓糖醇生长繁殖，不会产生有机酸使牙斑表面pH值下降。因此，赤藓糖醇不会致牙齿发生龋变。
日本池田等人选择各种链球菌属细菌及干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌等，研究它们对赤藓糖醇的利用情况。结果表明，赤藓糖醇不被任何细菌所利用，不会生成不溶性葡聚糖及乳酸等有机酸。以大鼠为对象的研究结果，确认赤藓糖醇根本不会致牙齿龋变。用赤藓糖醇巧克力牗赤藓糖醇含量24％进行的大鼠试验，与蔗糖巧克力牗蔗糖24％相比，发现赤藓糖醇可避免91．9％的龋齿率。与淀粉巧克力淀粉24％相比，两者的平均龋齿得分也有显著差异。因此，赤藓糖醇是一种非致龋齿性的功能性甜味剂。
