中医学在近百年来由于不符合近代科学原理及西医学诊治标准，而不断被质疑。而且随着中医现代研究的不断深入，中医理论越来越多地被肢解，中医人越来越不自信，致使以西解中、以西代中、中药西用等现象越来越严重。
中西医学理论与思维的差异
尽管中西医学皆以人体和疾病为研究对象，但由于其分别发源于东西方不同年代，是在不同哲学思想、不同思维方法的基础上，建立起来的不同的医学体系：中医学是宏观整体医学，西医学是微观分析医学。在医学模式上，西医学是单纯的生物医学；中医学则是形—神—环境医学。在对人体的认识上，西医学认为人体是各组织器官组合而成的，整体等于部分之和；中医学认为人体是一个有机整体，任何组织器官都不能脱离整体存在，整体大于部分之和。在对疾病的认识上，西医学突出“邪气”，强调人体形态结构改变，认为微生物的侵袭是导致疾病发生的重要因素，物必先生虫而后腐；而中医学突出正气，强调环境变化、正气不足对疾病的作用，即“正气存内，邪不可干”，物必先腐而后生虫。在诊断上，西医学重视局部改变，强调实验室指标变化，突出机器的作用；中医学重视整体反应，强调医患结合，突出四诊合参、无创诊断。在治疗上，西医学强调对抗、剿，如抗菌、消炎、制酸、平喘、抗风湿、抗心律失常等等；中医学重视“调和、从化”，如调整阴阳、调和气血、调理脏腑功能等等。
中西医学的诸种差异的内在基础，是其哲学思想的区别：西医学以“原子论”为依据，以机械唯物论为指导思想，强调空间结构，突出微观分析性，认为疾病是有其形态结构异常的病理过程；而中医学则以中国古代的“元气说”为依据，以唯物辩证法为指导思想，强调时间结构，突出整体联系，认为疾病是人体不能适应环境所引起的各部分功能失去和谐的动态过程。
社会学曾有“两块表原则”，即一人若同时拥有两块手表且两块表的时间不一致时，就会出现对时间认识的混乱。由于中西医具有不同的诊治标准和诊治方法，二者分属于医学领域的不同学派，只能相互补充、相互辅助，不能相互取代。若理论与实践皆以西医学为标准，则势必造成中医学混乱。
中医学的特色与优势
与西医学相比较，中医学的在医学模式、理论基础、思维方法、疾病诊疗等诸多方面皆不相同，而其特色与优势主要表现在：
1．超前的整体医学模式
早在《内经》时代已经认识到人类的生存繁衍与日月、天地是密不可分的，即“人法地，地法天，天法道，道法自然”。《内经》中也反复提到“人与天地相参与，与日月相应也”、“天覆地载，万物悉备，莫贵于人，人以天地之气生，四时之法成”、“天食人以五气，地食人以五味”。并借助当时先进的哲学思想——阴阳五行学说作为论理工具，说明人体之间、人与环境之间的复杂关系，建立了“形—神—环境医学模式”。
2．独特的医学诊疗体系
在诊疗上，中医学突出辨证论治、三因制宜，强调无创性诊断、个性化治疗；注重调理气血、阴阳、脏腑之间的关系，认为“和则生物，同则不继”；应用天然药物或非药物治疗；中药治疗为“聚毒以为事”，“以偏纠偏”，指出“大毒治病，十去其六，常毒治病，十去其七，小毒治病，十去其八，无毒治病，十去其九，谷肉果菜，食养尽之。”
另外，中医学诊疗体系还具有超前诊疗、探求未知的特点，它能根据自然气候的变化预测疾病发生演变及发病规律和特点，并结合发病学说，对未发疾病进行预测和防治。如当前对于非典、艾滋病（ADIS）等疾病的诊治等。这些疾病，在目前西医学认为多是致病原因不明的疾病，且无特效药物，而中医学则依据自己独特的理论体系进行辨证论治，并取得了较好的疗效。
3．突出治未病的学术思想
中医学认为防病重于治病，《内经》中即突出了“治未病”的学术思想，如“圣人不治已病治未病，不治已乱治未乱”、“粗守形，上守神”等等。在《素问》前三篇中，分别论述了保养肾精、调养人神、摄养阳气的重要性，指出如能适应自然变化而调摄人的精、气、神，注重“虚邪贼风，避之有时，恬惔虚无，真气从之”，如此“精神内守，病安从来”，则能“年皆度百岁而动作不衰”，“精与神俱，而尽终其天年”。后世由此发展起来的运动养生法、呼吸养生法、药食养生法、情志养生法等等，为人类疾病的治疗和预防保健事业做出了巨大贡献。
中医学是生命之道，通于自然与社会之道。中医现代发展的战略取向，影响着人类的前途和命运。我们应当进行中西医学的比较，明确中医学的特色与优势，正本清源，强化中医思维；结合现代科技，博采众长，不断提高临床疗效，为促进人类健康长寿，迎接未来文明大同而努力。
