美国国家健康研究院第一届国际慢性前列腺炎协作网会议曾对慢性前列腺炎各种治疗方法评过分，其中，评分最高的三种药物是抗生素、α-受体阻滞剂和非甾体抗炎镇痛药，而前列腺按摩也被认为是最有效的治疗，但手术治疗得分很低。
由此可见，前列腺炎抗生素的治疗很重要，因为长期病变可使细菌附壁、进入腺体内或腺体周围，造成前列腺炎患者的前列腺液细菌培养阴性。因此，许多学者建议慢性非细菌性前列腺炎也应进行抗菌治疗。而选择的抗生素需要具备：对引起前列腺炎的各种致病微生物具有强大的杀灭能力；容易进入到前列腺组织内；在碱性环境内其抗病能力不降低甚至增强；副作用小，能长期使用。
除了服药及前列腺按摩，慢性非细菌性前列腺炎患者还应坐浴、忌辛辣，要有适度性活动，最好服一些消炎镇痛剂。
