蒙医界人士认为，蒙医药目前面临的严重问题有：
一、全区各家中蒙医院都有自己的制剂室，医药合一的体制限制了发展。内蒙古中蒙医院副院长阿古拉说，医院之所以自己制药，一是因为从蒙药厂进药医院的利润低，二是因为市面上的蒙药种类很少，三是因为蒙医大夫有自己手工制药的习惯。
二、人才青黄不接，高层次的研究人员少。解放前，蒙医主要靠师傅带徙弟的办法延续医术，蒙医一度曾陷入萧条。１９５６年内蒙古医学院成立后开设了中蒙医系，由于没有系统、科学化的蒙医药教材，大量招收学生受到很大影响，所以在长达４０多年的时间内，现代化的蒙医高级人才奇缺，使蒙医的发展受到严重影响。
到现在蒙医教学仍采取５０年代初的教学模式，这种状况不适应２１世纪对蒙医药学的要求。只有培养出既懂蒙医药知识，又懂现代化学知识的人才，才能大大推进蒙医药发展进程，否则形不成一支强有力的医疗、科研队伍，蒙药的发展就会受到很大限制。
蒙医老专家说，许多老蒙医专家都是从实践中摸索出来的，积累了丰富的经验，但他们缺乏现代医药知识，不利于蒙医药的高水准开发。目前，优秀的蒙医药人才大都是６０－８０岁的老人，只有建立有效的激励制度，大力培养新人，才能使蒙医更好地流传下来。
三、管理制度落后制约了发展。为支持民族医药发展，藏医、维吾尔医、朝鲜医都采取了立法保护的办法，而蒙医机构仍不健全，至今全区没有一个综合性的蒙医院，蒙医还是停留在个体小门诊、小专科，或附属在其他综合性医院里。
四、缺少经费，科研成果转化十分吃力。
有关专家建议，由自治区牵头成立全区蒙医开发领导小组，设立全区蒙医药开发研究基金和风险投资基金，实施金融扶持政策，以全区蒙医药科研机构、高等院校等为主要开发研究基地，形成开发网络，同时开展多学科多层次、多方位及跨部门、行业、省区的综合研究；优化科技人才配制，加快蒙医药科研成果的转化，使蒙医药开发转化成为内蒙古自治区新的经济增长率长点；制定《内蒙古自治区中蒙医药管理条例》保障全区中蒙医药事业的持续发展，并争取卫生部适当下放蒙医药的审批权限；依法保护蒙攻克药资源，有计划、有目的地种植开发蒙药资源。
