约自公元十五世纪开始在西藏的医学史上形成了北方派和南方派如同日月的两大学派。这两大学派都坚持《四部医典》的总纲和理论，利用各自的智慧，予以校订，进行广泛的阐释。同时结合自己的具体特点，对独特的经验不断进行总结和整理。这些对西藏医学的理论和实践各方面都有所补充，极大地丰富了藏医药学。
北方派以讲，辩，着的方式结合西藏北方的地理、气候、生活方式等实际特征，对独具特点的医治方法进行经验总结，著述医书疏解，创制新药方，甚至辨别药物等，发扬了北方学派的特点。南方学派以药物味道、工用、药效本质、释名及其作用等方面制定论述，进行讲解，介绍药物等，以讲、辩、著的形式、发扬了南方派的特点。
公元1509年出生于前代苏喀（南方派）家族的苏喀·洛追杰波，幼时听受祖先医疗传承，拜措麦堪钦的弟子朗普却吉等为师。另外，还拜萨迦门冲（萨迦药城）地方的昌迪·协俄等北方学派的同门师，听授所有医疗秘方后，著述了《药物味道、功用、药效表》，以北方学派《四部医典》组成的题解等许多大小论著。晚年，他来到娘麦（日喀则一个地名）寻找，终于在此地找到新云丹贡布的《四部医典》手抄本。后由人主旺杰扎巴创造条件，经过四年时间，凭着智慧新编医学根本续论述《祖先口述》两种和医学后续脉尿《祖先口述》共三种巨著。后来抵达西藏山南地区扎唐时，由于雅加巴作施主，他对《四部医典》原本进行校勘订正，刻制了医学史上第一次现在称这为《扎唐四部医典》的著名版本。这对西藏广大地区讲授《四部医典》起了巨大的推动作用，留下了无法估量的丰功伟绩。迪司桑杰嘉措（公元1653年生）从小拜五世达赖喇嘛阿旺咯桑嘉措，练习显密经典为主的所有文化知识，他对对大小五明、尤其是医学星算科学的一切理论，十分精通。最终成为五世达赖的心传弟子，并得到担任政教两方面摄政的命令。担任长达二十六年之久的摄政。
塔木医学博士洛桑曲扎（公元1638年生），五世达赖给予他无比的关怀，迪司桑杰嘉繁荣昌盛也称赞他如同“药王”并给予高度的评价，授他为五世达赖的帮医。在五世达赖喇嘛和迪司桑杰措执政时期，曾倡导开展藏医药学的继承、发掘和整理工作。为了《扎唐四部医典》的校勘工作顺利进行，以塔木医学博士为主，召集各派名医，对先后刻印的版本，又进行细心地分析和校订，对词义等各方面做了从未有过的整理，重新进行刻版，使该书有广泛的传播。由此不久，在后藏（今指青海、四川、甘肃境内的藏族居住地区）塔尔寺和康区德格印经院等，陆续以拉萨的四部医典为准，再次进行了刻印。还集体校注《四部医内》，将原书中晦涩难懂的林文和古藏文尽量改写成通俗文字，并撰写了一千二百多页的注释，定名为，《四部医典蓝琉璃》。同时为了更好地解释这部医书的内容，使得贤愚人等都能顺利理解，迪司桑杰嘉措还召集哈藏最著名的书画家，整理、绘制了彩色《四部医典系列挂图》七十九幅。其中，不仅描述了《四部医典》的内容尸体解剖，穴位，药物和器械等，而且以讲述藏医理论为主的内容亦描绘在彩色挂图里。公元1696年在拉萨药王山创建了医学僧院，定名为药王山医学利众院，并安排塔木·洛桑曲扎医学博士和高僧洛桑阿旺两位主管任教，第司桑杰嘉措也亲身传授医学理论。
公元1711年，在后藏东北地区，由七世达赖喇嘛格桑 加措的经师曲桑旦白坚赞在塔尔寺任堪布时，该寺强巴林新建医学僧院，除藏族外还有许多蒙族也得到了学习藏民族医学的机会。同时，依据拉萨版《医学四续》新刻制了书版。同时，第二世嘉央协巴·金美旺布，1724年于拉昌扎西奇寺建立了利众医学院，当时还按该地王公蒙古亲王丹增旺久的意愿，七世达赖格桑加措给该王委派太医益西桑波，太医益西桑波在此地培养弟子有藏族蒙族等到许多兄弟民族的传承弟子。向他们毫无保留地讲授医学理论和秘诀实践，著述有《体腔区位线本注》等，克服种种困难，亲自带弟子前往青海、若尔盖、甘肃等到地，从事药物研究、介绍药物。
同样，这些弟子先后在恰穹寺等地创建了利众医学院。这埋藏从药王山利众院派洛桑曲培及格桑阳培医学专家赴外蒙任救主库伦。公元1745年，哲布尊丹巴的太医在北京雍和宫创建医学们院，培养不同派别的弟子，并且在蒙古的一些比较大的寺院里也创建了医学们院。公元1543-158年第三世达赖喇嘛索朗加措埋藏，还培养出一批蒙族人才，声誉卓著的贡钦·金美旺布，龙日丹达等许多医学家，著有各种高水平的医学经典。另外，在拉达克、不丹、锡金、尼泊尔、天竺等地也先后盛行藏医学，为其他民族的生存也做出了极大的贡献。
公元1733年，德格杰布和曲杰旦巴次仁以原先《医学四续》的印版为底样，雕刻德格先后把《医学广论蓝琉璃》、《十八支》、《月王药诊》、《嘎加玛》《诊药二元要诀》等许多经典医学论著进行印制。
