对药物和方剂的研究
孙思邈的故乡以盛产药材而著称。他在各大名山采集药材积累了丰富的经验。他特别强调采药的季节和处理的方法。他说，采药不按季节，处理不分阴干晒干，结果是“虽有药名，终无药实”。同“朽木不殊”（《千金翼方》卷一）。他对所列的233种药的采集季节都有说明。有的还说明了什么时候采集花、叶、茎，什么时候采根和果。他还介绍了680种常用和常见的药材，要人们随时采集以备紧急之用。他很重视地道药材，并介绍了133州的519种药材和它们的医用价值。
孙思邈在他的实践中还总结出了很多特效药。除了前面已讲过的含维生素的药之外，还有白头翁、苦参、黄连等治疗痢疾；常山、蜀漆等治疗疟疾；槟榔治绦虫；朱砂、雄黄用以消毒等。
孙思邈在临床实践中对药材的加工炮制非常考究。如雄黄生用毒大，孙思邈用它治鼻息肉时，亲自炼制，消除了毒性，敷服后不但治好了鼻息肉。喘息病也给治好了，而且不再复发（《千金翼方》）。
前已提到，药能治病，又能致病。其相互之间的化学作用在炼制中又可以使有毒变为无毒，也可以使无毒变为有毒。或者是对某一脏腑有毒而对另外的脏腑则无毒。为此，医家一般都是把诸种药物配伍使用，这就成了方剂或制剂，并对其相互间的化学作用极为重视。
孙思邈在《千金要方》中详尽地论述了方剂调处配制中的重要问题并强调它们的重要性。他说：“药物之间可以互相助长疗效，或一种药物可以减低或消除另一种药物的毒性。或一种药物与另一种药物作用后产生毒性。药物的药力有强有弱，有主有辅。主药辅药相互调理，佐药和使药（引药）相互扶持。若不认真阅读医药经典，就不知道药物之间有相互助长疗效和相互牵制而降低或减弱疗效的作用。或医生根据自己的意志随意加减，不按方剂规定配药，就会使诸药产生不良作用。吃了之后，不但不能治病，而且互相牵制。如草药和石药发生毒性反应，能使人中毒昏迷，毒杀人猷如刀剑。若药物调配得当，虽治不好病，但可使五脏相互协调，起码不会加重病情。”这就是说，医者临病处方，要熟知药性。要按照调处方剂原则，组织有法，适当配伍，即是没有把病治好，但能使五脏得到协调。就不会使病情加重或恶化。否则，医者若不识药性，不了解药性相反相畏、强弱好恶、或不依照主、辅、佐、使的制方法度，而是杂凑成方，那就不但不能治愈病患，反会使病患加重，甚至造成医疗事故。可见孙思邈对药物、方剂和方剂的调制不但极为重视，而且有着极为深透的研究。
人们对事物的认识都会受到诸多制约。因而就限制了人们对事物的认识。科学技术的发展，人们的文化水平不断提高，制约条件的不断被克服，人们的认识能力便得到提高，因而对事物的认识就会加深。孙思邈对于前人的经验不是死搬硬套，而是消化理解，改革提高，发展推广。
东汉南阳人张仲景《金匮要略》中的“当归生姜羊肉汤”是他用以治疗寒疝病引发下腹和两肋牵引性疼痛的扶阳补血方剂。而孙思邈则依据药性方剂的配伍原则，化解组成了四个方剂，这就大大地扩大了治疗范围。
羊肉汤（羊肉、茯苓、黄芪、干姜、甘草、独洁、桂心、人参、麦冬、生地、大枣）治疗产后风（感冒）兼腹痛。
羊肉当归汤（羊肉、当归、黄苓、川芎、甘草、防风、芍药、生姜）治疗产生中风（外感风邪），往来寒热（恶寒与发热交替出现），无力，不能进食。
羊肉杜仲汤（羊肉、杜仲、紫菀、五味子、细辛、款冬花、人参、川朴、川芎、附子、草薢、甘草、黄芪、当归、桂心、白术、生姜、大枣），治疗产后腰痛咳嗽。
羊肉生地汤（羊肉、生地、桂心、当归、川芎、人参、芍药），治疗产后3日腹痛。
像这样灵活变通的方剂，在他的《千金要方》中是很多的。没有对药性药理透彻了解和相互作用结果的深刻认识及方剂配伍原则的熟练掌握是绝对做不到的。
孙思邈对于方剂的深刻研究，至今还有不少未被我们所认识。但是在人们认识客观事物中，有这样一种人，凡是自己不认识的事物，一概都不信。我看这是成问题的。客观世界的运动发展永远不会终止，人们对客观世界的认识也永远不会有终结。整个人类对人的自身还没有认识完（永远也不会完），何况整个自然呢。所以自己不认识的事物就不相信，就否定，实在是太无知了。我们肯定一件事需要证明，要否定一件事，同样也需要证明。十年内乱时期，对肯定和否定的事物都不用证明，全凭主观认为，结果是遗患无穷。
对孙思邈的独活寄生汤就有这种问题。独活寄生汤，对体虚感受风寒湿邪而腰膝髀枢顽麻冷痛（慢性风湿关节炎）等症都有显著的疗效，但是由于对此方中的“细辛”这味药的作用认识不深，有的医生在开处方时，就以为不重要而往往随意减掉，结果就使疗效大大降低了。后来经过研究，才发现这味药气味瘟辛，“走而不守，温通阴阳，不仅为寒症而设，且可搜风散湿、解痹止痛”。这才认识到了孙思邈的“独活寄生汤”中的细辛这味药绝不是可以减掉的。对待别的任何事物也是这样，绝不可以自己的意愿作标准来随意肯定或否定事物。这与不懂装懂同样受人嗤笑。
恩格斯说的人们对客观世界的认识永远不会有终结中所指的人们，不是那一个人，也不是地球上那一时代的全体人，而是指客观世界存在的世世代代永无休止的延续着的全部人类。回首往古，在整个人类的科学史上，存在着许多重大错误：有的已被发现并得以纠正；有的还未被发现；还有的，可能正在实行；有的，过去被认为是正确的东西，后来的实践证明是错误的；还有的，过去被认识是错误的东西，又被后来的实践证明了是正确的。这种事，历代不绝，并且永远也不会根绝。因为这是人们在认识客观世界中必然会存在的问题。是认识的规律。我们所希望的是对待这样的问题一定要慎重些。毛主席不是讲过吗，“不是有意压制，就是由于辩别不清，也会妨碍新生事物的成长。”我们希望的是这样的问题要尽量少些出现，少些存在。
