《倚云轩医集》又称《倚云轩医案医话医论》，包括《医案》三卷，《医话》三卷，《医论》二卷，共计八卷合编，是清末民初医学家方仁渊撰于清光绪二十五年（1899年）的手稿。作者曾整理其师王泰林的《王旭高临证医案》四卷于1898年出版，但他本人的这部书稿一直未能付梓。医界知晓《倚云轩医集》价值珍贵，遂于上世纪50年代将此稿本献于刚成立的中医研究院图书馆典藏。原稿颇零乱，现经中国中医科学院信息研究所李洪涛等人系统整理后得以影印面世，收入《中医古籍孤本大全》。
作者方仁渊，字耕霞，号倚云，别号思梅，江阴顾山镇人，生于清道光二十四年（1844年），卒于民国十四年（1925年），享年八十二岁。先受业于无锡名医王寿林（旭高）又从江南名医邵杏泉先生。两位医家精于运气之学，方仁渊尽得其传。
光绪初年，方仁渊移居常熟悬壶于城内，名“倚云医馆”，其书斋曰“倚云吟馆”。光绪庚辰年（1880年），岁值太阳寒水司天，太阴湿土在泉，民病多寒湿，方仁渊以温燥辛开之剂，无不应手，因而医名鹊起。求医者继踵相接，遇有疑难危证，必竭力挽救。方仁渊对中医学发展极为关注，民国十一年（1922年），为抗议国民政府内务部颁布的旨在逐渐取缔中医的《管理医士暂行规则》，他被选为常熟医学会会长，共议对策，并创办《常熟医学会月刊》出刊凡26期，为常熟县医学期刊之首创。其医学著作除本书外，还有《新编汤头歌诀》、《舌苔歌》等。
《倚云轩医案》三卷完成于清光绪二十五年（1899年），包括外感寒热、内伤杂病、妇科疾患等18个门类的220个医案，均采用扼要顺叙式的书案方式，对其疑难者，有的案侧竟一诊、二诊、三诊，直记到十五诊，患者病愈而案止。方仁渊先生辨证论治的技巧和思维方式均展现于他的医案中。他又在案中把学习同道的有卓效方剂附于案中，例如第195案陆某，医案之后记载了白喉吹方圣药——凤衣散。在220案后，又记有六则方论，即《喉症备用方论》、《王应怀梅毒搽药方》、《沐泰山珠黄十宝丹》、《珠黄化毒散》、《种牛痘须知》、《调经》。其后的《诊余记事》也是28则医案，采取叙述附案式的写法。
《倚云轩医话》三卷完成于清光绪三十四年（1906年），是时他已63岁，他深感年已花甲、未能十全，古今书籍虽未尽观，于临证之际，有些疾患尚不能拿稳，自感精神衰老，不能再进学业，愿来世仍为医士，逐自作一挽联于书眉。
“可怜身入红尘，苦辛历尽，志未成，学医未济世，安贫行我素，不学仙，不倭佛，惟望将来再为医生。
从此魂归碧落，色相皆空，登山可御见、玩水可乘云，壮志尽消磨，生无怨，死无恨，尚留空愿负于后人。”
数日后他对此联又行修改，尾于引言之后：
“读书不为世用，学医未尽济人，碌碌人寰，不学仙，不倭佛，惟愿来生，再为医士。遇事不敢骄矜，立身惟求愈恭，茫茫无壤，生无怨，死无憾，要留耕地付于后人。”
甫稿与定稿可为独立的二首挽联，是方仁渊先生的名志，也是他著述的缘起。
《医话》内容丰富，有记述当世医学流变者，有评论各家学说者，有临证和读书心得者，有讨论医理药用和治验者，更有医籍的点评和精论。如在《中权居士诮前医各派》的一则，当时报牌曾登载署名中权居士的文章，讥诮当时医人中有看相的流弊，同时阔论明清医学有温补派、信古派和江湖派三派，其言娓娓，对三派皆有贬意。对此，方仁渊在医话中写道：“因属有感于中而发，但不知据彼意见须知何而后可夫？古人之言固有是有非，在读书者胸有成竹，去短取长乃为有益，彼已成名而至何必如此痛倒之，其狂亦可想见，况如喻叶吴三公，开辟温热之旨，于医学不为无功，今刻求此等人已不易得，又安可底訾乎！”对读注仲景书和错简派攻讦王叔和，方仁渊提出了披坚执锐之见：“余读仲师《伤寒论》、《金匮》注释，几数十家言，人人殊不知究竟何者为是，恨不能起仲师而问之。论者每疵王叔和撰次之非。夫叔和与仲师，相隔不过百十年，当时必有原书可证，不至颠倒是非，如后人所云，设当时无叔和之撰次，不知两书当能陈传至今日与否，不崇其功、反攻其短，后学往往如此。且《伤寒》、《金匮》。原久已明白晓畅，后人愈注愈纷愈不明白，即陈修圆之《浅注》，唐容川佩之仍不满意，再加《补正》，容川亦蹈此弊窦，不知如何而后中皆好名之累也！原后人切勿再注，即彰显其学问，尽可自成一书以惠后学。”说得至切至要，十分精辟。
《倚云轩医论》包括31论。首篇《五种伤寒论》篇幅长，论述全面，成书较早。第四论《丁未年占病》，应是在丁未即1907年之前占病的，此篇写作应在丁未年之前。第二十三论《张君小儿惊风》，是寄给上海周雪樵《医学报》的文搞，该刊1904年创刊1910年停办，此文应在此段时间完稿。
方仁渊的《倚云轩医集》源出自家在临证中的感悟和引验。可分为新的见新、辨治体会和新病新说三方面内容。属于新的见解，诸如《五种伤寒论》、《小儿外感多七情无论》、《两感温病论》等。辨治体会如《温病误汗止阴》、《肝胃气论》等。属于新病新说如《丹痧今昔不同论》、《烟痢论》等。这些都是作者实践中的创新和新知。作者和其他临床医家一样，很注重搜集民间验方，把自己亲验的有效方剂和几个可用于急救的方法记录下来，附列于书的最后，以其实用性以示人。这也是苍生大医医德的展现。方仁渊有子玉祥，世其业，不幸与仁渊同年卒。侄名君嘉继其业，载入《吴中名医录》。（孟庆云）D4
