《实施意见》提出，要注重提高中医防治能力，开展中西医协同临床攻关。“十四五”期间，形成15~20个优势疾病专家共识、行业标准、技术规范术规范、临床指南，提高中医对疑难疾病、重大疾病、疫情防治的贡献，为单一疾病的质量管理提供支持。在服务药品、设备等研发的应用评价方面，系统开展中医安全有效的临床评价，获得高水平的循证证据，重点筛选和开发具有明显优势的新处方药。
《实施意见》明确规定，上海市中医药管理局、市科委将围绕理论解读与创新、提高疾病防治临床价值等方向，建立中医药临床科学问题数据库。同时，依托上海中医药循证医学研究中心、市医院临床研究促进发展中心等平台的技术指导，加强公立医院与企业、科研机构的合作。市中医药管理局组织第三方机构制定中医药临床研究信息一体化建设标准，规范中医药领域临床数据的收集、研究、开发和应用。
根据《实施意见》，三级医院应积极与科研机构联系，建立医学、教学、研究与生产相结合的医学诊疗研究平台和中药新药创新研发模式。建设高水平科研骨干人才队伍，特别注重专业能力和循证方法双重知识结构的复合人才培训。
《实施意见》要求加强顶层设计，建立政府各部门的工作联动机制。新的中医技术和具有高质量循证医学证据的新方法将及时纳入医疗服务项目，促进中医重点专业临床研究成果的转化。
