中医“五运六气学说”是根据疾病发生的季节，来判断疾病病因病机转归及治疗的一门学问。
在干支纪年中，一个花甲子有60年，其中十年是属“未羊”、“丑牛”的年份。中医“五运六气学说”认为，大凡是未羊、丑牛年份的“二之气”火热主气之月，发生瘟疫流行的几率均较大，即公历3月21日至5月21日这段时间内。
如《素问•六元正纪大论》所言“二之气，大火正……其病温厉大行，远近咸若”。这里“温厉大行”就是指瘟疫大范围流行，“远近咸若”是指不论距离远近瘟疫所表现之症状均相似。巧合的是，上一个“未年”的二之气正是“非典”流行之高峰期，二之气后6月始“非典”之发病开始呈下降趋势。今年又值“丑牛”之年，而“二之气”时令季节，恰逢甲型H1N1流感之流行。
按照“五运六气学说”，今年流行之瘟疫病因、病机，是客气君火加临于主气君火之上，两火相并克伐肺金所致。但今年和“非典”流行之年的干支不同，“非典”是“癸未”年，今年是“己未”年，而“己未”年是“太乙天符”之年，所谓太乙天符是指，该病邪是由天干五运之邪气、地支六气之邪气以及地支“太岁”之邪气三合而成，故致病性极强。《素问•六微旨大论》指出“太乙天符为贵人，……中贵人者，其病暴而死”，而今年甲型H1N1流感疫情之死亡病例符合“暴死”之特点。
对于这样的瘟疫，“五运六气学说”在《素问•至真要大论》中指出了其治疗原则：“少阴之胜，治以辛寒，佐以苦咸，以甘治之”。故防治甲型H1N1流感可选择中药药性属于辛寒、苦寒、咸寒、甘寒类药物。以辛寒为君药，可选择生石膏、鱼腥草、夏枯草、半边莲等。苦寒药物为佐药，如连翘、黄芩、黄连、黄柏、知母等。以甘寒为臣药，如金银花、芦根、生甘草、太子参、西洋参、麦冬等。
遍考中医温病八大名著，唯独清代余师愚《疫疹一得》三方最符合“少阴之胜，治以辛寒，佐以苦咸，以甘治之”之处方原则，这就是：败毒散、凉膈散、清瘟败毒饮。且其治疗之瘟疫症状除发热、头身疼痛等上呼吸道症状表现外，还包括“眼赤”“吐泻”等症，与“猪流感”症状表现极为相似。
做为预防性及治疗性用药，还可选择中成药，如“银翘解毒片”、“清开灵”、“六神丸”“羚羊清肺丸”等。
参考“非典”在6月间逐渐得到控制的事件看，对于本病之预防重点应该是《内经》所说的“虚邪贼风，避之有时”。因为“五运六气学说”指出未、丑年份瘟疫流行时间主要集中在“二之气”，今年是3月20日至5月21日这段时间内。所谓“虚邪贼风，避之有时”就是指这一时期尽量减少聚会，避免到人群聚集之地及疫区，以切断传播途径。
由于运气学说认为今年瘟疫之病机为火热烁肺，而中青年人员大多火热内盛，属于易感人群。故中青年人员预防本病时，除用辛寒、苦寒、咸寒、甘寒类中药泡茶饮预防外，重点是饮食清淡，少食牛羊肉、海鲜、辣椒等升发、上火之食物。而猪肉、鸭肉之熟食性寒，不在禁忌行列。食物中绿豆、百合、海带、紫菜、大米等均是性凉之品，对于素体胃寒，不耐寒凉中药者，可选用。对于素有便闭习惯的中青年人群，晨起，特别是晨练前，可饮一杯淡盐水或蜂蜜水，清凉降火。同时中青年人群应避免熬夜以免妄动心火、耗伤肺阴。
