西藏自治区藏医院前身为“拉萨门孜康”始建于1916年。1959年，西藏自治区筹委会将原“门孜康”和“药王山利众医学院”两处机构合并建立了拉萨藏医院。1980年，经自治区政府批准扩建为西藏自治区藏医院。通过几次改扩建，目前自治区藏医院占地面积6万5千多平方米，建筑面积4万平方米，分设门诊部、住院部、藏药厂、藏医药研究院和藏药材基地等五大区，设有12个职能部门、12个临床一级科室、19个临床二级科室、6个特色专科、5个医技科室，一个研究院，一个藏药厂。现有职工700人,含国家级专家1人、自治区级专家4人、藏医博士生导师1人，藏医硕士生导师7人。
医院拥有多台先进现代医疗设备，开放床位326张,年门诊量达到26万人次，年住院达到4300人次。现已发展成为全国规模最大的一所集医疗、教学、科研和藏药生产为一体，专业学科较为齐全的三级甲等藏医医院。
医院以藏医药专科建设为重点，坚持以藏医特色的办院方向，做到了院有专科、科有专病、人有专长，先后设立了胃肠科、骨伤科、肝病科、心脑血管科、眼科、外治科等藏医专科。以独具特色的藏医专科诊疗技术和特效专科专药，结合针灸、推拿、按摩以及藏医特有的放血、火灸、慰法、药浴、涂擦、火罐、角吸、金针等藏医外治治疗手段，在治疗脑血管疾病、慢性萎缩性胃炎、消化性溃疡、糖尿病、各类肝炎、肝硬化、以及椎间盘突出等方面取得了显著的疗效。
医院制剂室是全区规模最大、藏药生产量最多、生产品种最多和拥有符合GMP条件现代化生产线的传统藏药龙头企业,年生产藏药达80多万吨，生产藏药350多个品种,其中已有54个国药准字号品种、15个品种列入《国家基本药物目录》，10个品种列入《国家中药保护品种》。2004年西藏自治区藏药厂顺利通过了GMP认证并通过了国际质量ISO认证，“甘露”商标荣获了“中国驰名商标”的称号。随着医院整体建设不断加强，专业队伍素质进一步提高，医疗安全有效保证，屡屡获得荣誉嘉奖。先后荣获“全区民族团结进步奖”、“全国示范藏医院”、“全国卫生系统先进集体”、“群众满意单位”、“行风建设先进单位”等称号。
特色专科方面
医院从挖掘藏医药诊疗特色入手，确立了“特色专科为龙头”的发展方向，自1980年开始，陆续建立了心脑血管、肝病、胃肠病、骨伤病、藏医外治、妇产科等重点专科，挖掘和总结出了独特的藏医专科诊疗技术和特效专药，在部分疑难杂症的治疗方面得到了突破性进展。特别是为了加强民族医重点专科建设和突出专科优势，自2007年开始向国家中医药管理局申报建设心脑血管科、骨伤科等三个国家级重点专科，并相继已成功立项两个国家级重点专科和一个省级重点专科的建设项目，现正在建设发展中。
（一）藏医外治专科
医院藏医外治专科在“十五”期间列为国家的重点专科（专病）。在建设过程中，将原来单一的针灸科改造成既有中医的针灸推拿等诊疗措施，又有藏医全套外治功能服务的综合性外治专科。同时，为了挖掘藏医特殊的外治疗法，在外治专科没有设立住院病床的情况下，积极探索，把骨伤专科也作为外治专科建设的组成部分共同收治病人，挖掘外治治疗技术的同时应用到疾病的治疗中，使建设期内骨伤专科的住院人次等各项医疗指标年年都有上升。
（二）肝病专科
肝病专科建于1997年2月，为西藏最大的藏医肝病专科，也是区藏医院四大专科之一。
该科以藏医为主，以藏西医结合治疗各种肝病为主要特色，治疗的疾病主要包括：各种急慢性病毒性肝炎、肝硬化（包括由肝硬化所致的顽固性腹水、消化道出血、肝性脑病）肝癌、脂肪肝、酒精性肝病、自身免疫性肝病、药物性肝病、代谢性肝病、慢性胆囊炎、胆结石等；尤其在治疗乙型肝炎、肝炎后肝硬化、肝癌及脂肪肝方面总结出一套较为独特的藏西结合诊疗方法、应用于临床效果十分显著。
（三）消化专科
医院胃肠病专科是目前区内唯一的藏西医结合治疗消化系疾病专科。该科在1984年组建的原临床研究室的基础上不断发展，并于1987年10月正式成立。其主要以藏药特色为基础，藏西医结合为发展方向。在保持和发扬藏医特色的前提下，该科通过传统的藏医（望、问、闻、切）方法以及现代医学检测结合分析，可以对60余种病进行合理的诊断和有效的治疗，大大提高了诊断率和治疗率，疗效显著。
（四）藏医骨伤专科
本着“能藏不西，先藏后西，藏西结合”的观点，骨伤专科年门诊量5000人/次,住院病人350人/次,实施藏医特色疗法6009人/次,藏医治疗率95%,藏医治愈率85%以上。针对病情需要，该科还成功开展了胸腰椎结核、创伤、髋关节置换和离断、儿麻后遗症矫形术等手术。
在结合临床研究藏医药理论知识的同时该科完成了多项科研项目，特别是在根据藏医经典著作《四部医典》原有配方的基础上结合多年的临床经验剂改而成的治疗强直性脊柱炎的藏药安神熏香散涂擦剂、治疗骨性关节炎的消炎天宝雷，以及针对骨折的延期愈合和骨不愈合而研制的八味秦皮丸等三种新开展的医院制剂具有良好的临床效果。科室邀请众多藏医专家制定了藏药治疗外伤性骨折、颈椎病、腰椎间盘突出症等疾病的临床试验技术规范,以及藏医夹板固定护理和跟骨牵引的藏医护理规范.使骨伤专科的科研水平得到了明显的提高。
（五）心脑血管科
现有医护人员共16名，其中70%以上医护人员不同程度地具备了藏西两种知识，属医院四大专科之一。该科用藏医或藏西结合诊治各种脑血管意外病、慢性风湿性心脏病、慢性肺源性心脏病、慢性高原性心脏病、慢性高血压心脏病以及高血压病和慢性高原红细胞增多症等，藏西医结合诊治水平处于全区领先水平。
医疗教学方面
医院始终把医疗教学作为医院的工作重中之重，通过采取“请进来、送出去”、师带徒、院内开展专题讲座等多种途径开展医疗教学活动。截至目前，共派送成人大专班38名，临床医师就读硕士研究生5名，进修学习达100人次。参加区内外学术活动40多次，参加国际学术会议达30人次。完成了第一、二、三批国家中医药管理局老藏医药专家学术经验继承工作，24位继承人考核出师。
对外交流方面
藏医院始终把对外交流与合作作为医院工作的重要任务，积极地参加外事活动。先后与15个国家和地区进行业务交流和项目合作，接待了30多个国家和地区3200多个团队的参观访问。
2000年7月在拉萨召开的“国际藏医药学术会议”,是我国举办的第一次藏医药方面的国际会议,其规模和学术水均超过在国外召开的历次藏医药学术会议,在中国和国际传统医学史上,写下了重重的一笔。
1999年，医院与美国塞瓦基金会签署了《双方合作建设眼科项目》的合作协议，并于2003年组织实施眼科医疗活动。2001年医院与美国犹它签署了《西藏农牧区妇幼卫生能力建设项目》科研合作协议，2004年开始组织实施。以上项目为西藏地区培养了一批具有临床研究经验、熟悉高标准临床研究方法的医护人员。
带动全区藏医药事业发展
医院始终坚持“以人为本、以病人为中心、以特色为优势”的办院宗旨，继承和发扬优秀藏医药传统理论，突出藏医药特色和专科优势，重点抓好医院内涵建设，大力加强人才队伍建设和藏医专科建设。在四年内，力争把医院建设成为藏医特色突出、专科优势明显、临床疗效显著、管理规范科学、具有全国藏医医院示范带动作用的优秀医疗机构。
