中医学的理论体系本身就是—个开放的复杂巨系统，与中国古代文化尤其是古代哲学关系密切，阴阳五行既是哲学思想，又是中医基础理论的核心，并在医疗实践中指导着辨证论治和遣方用药。阴阳之间此消彼长，又互根互用，体现了非线性；五行之间存在生、克、乘、侮的关系也体现了非线性，如心肾相交就体现了水火之间的相互制约，并且一脏病，由于子病及母或母病传子，会引起其他脏腑的连锁发病。当然，调和一脏，有利于达到其他脏腑的平和，这都是非线性的特点。
中医药研究中的非线性特点
在中医药研究中还会经常遇到各种数量词，如一体、二气（阴阳二气）、三焦（上、中、下焦）、四诊（望、闻、问、切）、五行（木、火、土、金、水）、六腑（胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦）、七情（喜、怒、忧、思、悲、恐、惊）、八纲（阴、阳、表、里、寒、热、虚、实）；再如《素问·六节藏象论》载有数量词“五日谓之候，三候谓之气，六气谓之时，四时谓之岁”；《灵枢·经水》曾概括指出“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之，其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少……皆有大数。”当两个数量按比例同时变化时，就表明它们之间的关系是线性关系。
然而，我们研究时所遇到的实际情况并非如此，如“七分精神三分药”，就无法按照“七”与“三”的实际比例进行治疗调整；《素问·六节藏象论》所谓“其生五，其气三，三而成天，三而成地，三而成人”，其中“三”并非实指数字的“三”，此“三”也并非三个各不相关的“一”相加，而是“阴”、“阳”与其各自所含的“太乙之所施生、造化之所鼓铸”的“一”，有机相合而成天、地、人和万物，具有动态变化和非线性叠加的特点，这体现了中医理论的本质特征。
J·H·朗达尔认为科学产生于用数学解释自然这一信念。《黄帝内经》开宗明义地指出，人类应“法于阴阳，和于术数”，即按照数的规律和数的方法去生长壮老和养生保健。这里的数不仅仅是线性的数，也包含着非线性的理念、规律、占筮和文化的功能，同时又具有阴阳五行的属性和特定的象征。《灵枢·根结》提出“阴道偶，阳道奇”，数分阴阳，数又与天地五行等具有非线性的联系。《易·系辞上》说：“天一，地二，天三，地四，天五，地六，天七，地八，天九，地十，天数五，地数五。”把生动的“象”的世界归纳为“数”，把普遍的数由虚到实，并上升为贯穿天地、具有共同规律的标识。这些都是中医药研究中的非线性特点。
非线性与辨证论治
在辨证论治中往往整体具有各部分之和所不具有的特性，所以运用文献学、史学、逻辑学、哲学和社会学等方法，对中医证候基本概念的形成与演变，作客观而确切的诠释时，不应忽略其动态变化和非线性。
中医辨证论治的对象是人体这个复杂的巨系统，而人是“法于阴阳，和于术数”的。“和于术数”就是认为非线性的“数”的规律对人有先验性，可以不对人体进行直接研究，而是把数的图式和模型援引为人体模型。河图、洛书、八卦、太极图等都可推用为人体模型的理论。以脏象模型为例，《素问·金匮真言论》有五行脏象模型，《素问·六节脏象论》有六脏六器模型和《灵枢·九宫八风》的模拟八卦的八脏模型等。至于经络，在《内经》则有四经、五经、六经、九经、十经、十一经、十二经等多种模式。数字不取决于被知觉或被描绘物体的实际经验的多元性，相反的是，那样一些物体，其多元性是根据一个事先决定的数字（好像在一个预制的结构中那样）而取得的形式来确定的。
我国古代把数学标识的易图（河图、洛书等）视为宇宙原型，视为各种学术的起始点，甚至是终极真理。中医学也同样坚信“数”和易图的价值，这些理论，都是以一定的非线性的经验为依据，许多模型缺乏精确性和普遍性，我们研究证候时要给予重视。如明代李梃、程之、赵献可、孙一奎、张介宾等人分别模拟太极图提出了左肾右命、包络命门、肾间命门、动气命门、水火命门等学说。
中医学对证候诊治的量化方法，很多体现出综合性模糊处理的特点。如《素问·玉机真脏论》讲了脉证太过、不及和死证死脉的量度，《灵枢·五色》对色泽浮沉、夭泽进行了判断，《灵枢·终始》对补泻量的控制，以及《内经》根据证候表里、寒热、虚实所表述的病变深浅、机能状态、邪正盛衰和方制大小的量化方法，从数学角度来看，都属于非线性和模糊数学的范畴，在辨证论治的现代化思考中，这一思维可能会为我们提供新的途径和方法。
中医药治疗疾病的动态观念认为，由于患者因年龄、体质、季节，以及病变阶段等不同，证候表现也有很大差异，因而在诊断时注意证的随时变化，处理时治随证转，以变应变。动态观念是辨证论治的灵魂。从数学角度来看，同一疾病的证候差异与演变，其非线性变量是非常复杂的，辨证论治中的证变治变、随证立法、据法组方遣药与数学中的非线性观点是一致的。
人体是一个开放的复杂巨系统，各子系统之间的关系是不可叠加的，是非线性的。在信息时代的今天，多学科交叉的研究方法已应用于很多领域，将数学非线性的思维方式应用于对中医药学的研究中，或许可以为中医药学的现代化研究开辟一条新路；同时，中医药领域的成就也可能会反过来推动非线性理论的研究，从而为科学的共同进步作出贡献。
