目前的中医基础学科群架构是在近代科学思想与西方医学教育模式下对中医药学进行规范的结果。近年来，中医药界的学者纷纷对近代以降的中医药研究方法进行反思，强调重新审视传统研究方法的意义和作用。回顾近一个世纪中医药的发展，特别是20世纪50年代以来中医基础学科群理论体系建立与规范的过程中文献研究方法的作用，对于正确认识中医药学理论体系，十分必要。
中医基础学科群现有理论体系是以西医学为参照系进行整理的结果
传统中医学的基础理论体系是对临证经验的哲学文化概括，是在古代多学科相互渗透与促进的基础上发展起来的，并形成了以《内经》、《伤寒杂病论》等经典为主体的理论框架。经典医籍是中医发展史上学术规范的成功范例，也一直是中医药理论体系传承的基本教材。完整、准确地学习、继承和研究传统规范，是建立中医理论现代规范的基础和依据。
19世纪中叶后，随着西方近代科学思想的传播，机械唯物论的严密推理，实验科学的雄辩事实，细胞、器官、血液循环等生理病理的崭新概念日益深入人心，并在学术界占据了主导地位。随着代表不同文化的两种医学体系在较大空间上的接触，价值比较问题亦随之而来，并逐渐形成了以近代科学（包括西医学）作为衡量和评判中医学是否科学的价值观念。如中医脏腑学说与人体实质脏器的功能活动之间存在着诸多“不符”：心藏神与脑主思维的事实相矛盾，肾藏精与解剖学中肾的生理功能无关，痰迷心窍缺乏病理解剖的支持……这种种尖锐的“矛盾”，使人们怀疑甚至否定脏腑学说的科学性，脏腑学说乃至整个中医学都面临着巨大的理论危机。
在这种学术氛围下，中医界的一些开明人士在“中学为体，西学为用”的改良主义思潮和变法维新思想影响下，以“吾人在古人之后，当竟古人未竟之业。若不能与古为新，俾吾中华医学大放光明于全球之上，是吾之罪也”（张锡纯）的历史责任感，试图通过“损益乎古今”、“参酌乎中外”，“不存疆域异同之见，但求折衷归于一是”（唐容川），即以“通其可通，而并存其互异”（朱沛文）的方式获得社会认同，开始了以近代科学解释中医，用近代研究手段研究中医，力求“中西汇通”以发展中医的艰难探索。
尽管近代中西汇通“汇而不通”，但其研究方法和思路产生的影响却十分巨大，并成为当代中医进行学科构建与理论规范的直接参照系，这可以称之为中医药研究的“近代模式”。也就是说，近代中医学界为了迎合、顺应西方教育模式要求具有统一的学制、教材、教学计划等最基本的条件，在对整个中医理论体系进行必要的系统整理以适应教学要求的过程中，建立起了一个以西医模式为参照的中医基础学科体系。“1956年成立中医学院，制定教学计划、课程设置，是参照了过去中医院校的经验”，当时“没有制定正规的教学计划，也没有课程教学大纲，只拟订了一个课程表。其课程设置参考民国时期私立中医学校的课程”，即近代科学思想与教育模式下形成的中医基础学科体系，被现代中医高等教育完全继承和沿袭下来。
20世纪50～60年代在中医学科群基本框架的构建过程中，中医文献研究作出了重要贡献
目前，在中医药院校中通行的中医药学科群的基本框架，是在中医药高等教育刚刚起步的20世纪50年代末60年代初，由一批富于远见和创新精神的中医药学家在没有先例的条件下，通过大量的中医文献研究，结合当时的临床状况，分类、提炼而建构起来的。中医基础学科的分化，基本上是从原著课程派生出来的，因此，难以超越原著所固有的架构体系。“为了适应教学的需要，当时将中医学的学科结构分成了基础学科和临床学科，分别设置了基础课程和临床课程。中医基础又分为《内经》、《伤寒杂病论》等原著课和学科分化的《中国医学史》、《中医诊断学》、《中药学》、《方剂学》的学科课程，形成了中医基础奠基于《内经》学术体系的封闭框架；中医临床课程则与当时中医医疗分科相对应。”以后“在历次教学计划中，各类课程设置基本上无多大变化，惟在1962年以后教学计划增加《金匮要略》课程，1982年教学计划增加了《中医学基础》课程”。
高等中医教育教科书体系的形成是学科架构的主要标志。特别是一版教材，扎扎实实地从文献研究入手，在前人的理论建树和实践基础上梳理出已经分化明显的学科，正如二版教材“前言”所说，是“把祖国医学系统地画了一个前所未能画出的轮廓，对提高教学质量起到了积极的作用”，使中医专业各学科教材从无到有，不断完善，使中医学理论向规范化迈进了一大步。可以说，在短时间内，从浩瀚的文献中由博返约，提纲挈领地构筑起现代中医药学的基本框架，满足了当时高等中医药教育的需要，是20世纪50～60年代中医文献研究的最重要贡献。
但是，中医基础学科群的基本框架建构半个世纪以来，作为反映其建设成就的教科书虽经多次修订，迄今已有6版之多，尽管各种著作和教材的编写者在语言的表达上极力避免雷同，以体现“创新”，文字日见繁杂，但核心内容一本初版，增添的只是些琐碎而多余的阐释。一些错误的观点，通过教科书这种被学术界视为权威论述的途径，被一代代学子奉为圭臬，视为不刊之论，致使当今学界除了挖空心思地对其加以“科学”论证和完善外，无人质疑，更谈不上考证其是非了。
总之，学科与课程体系一直没有新的突破，在一定程度上反映了学科建设的滞后。造成这种局面的重要原因之一，是片面强调创新，忽视传统研究方法，中医文献研究被边缘化，未能通过深入挖掘历代文献中的思想、学说与理论，以对中医基础学科群的理论框架与学科体系进行充实、完善和提高。
