2005年，国家科技部在“973”计划中设立了中医基础理论专项，并在2005年和2006年先后投入高达5200万元和5000万元的资金支持这一项目。“加强中医基础理论研究，要树立发展的观点，重视中医理论的整理、归纳与提升，重视从中医临床实践中总结规律，重视中医疗效评估标准、规范的研究。”国家科技部副部长程津培指出了设立该专项的目的。
中国科技信息研究所中医药发展战略课题组的负责人贾谦研究员表示，该专项的设立将改变多年来重视用现代语言解释中医药的科学内涵，或用现代技术研究、分析和证实中医药的正确性，希望从中药中提取有效成分单体的资助方向，转而支持遵循中医的自身规律进行中医的现代化研究，是对中医科研方向的重大调整。
中医科研方向存在偏差
中医科研成果越来越多，疗效好的获得普遍认可的治疗方法却越来越少；所谓的高级中医科技人才与日俱增，会按中医的思维来看病的名医反而越来越少；研制出的中药新药层出不穷，在老百姓中具有极佳口碑的却仍是那些老药……对于近年来在中医药界出现的这些耐人寻味的现象，贾谦认为，是学术界对中医药现代化的误读造成的。
从2000～2004年，国家在中医药研究、保护和教学方面一共投入了80多亿元，其中的绝大部分被投入到寻找“某某实质”、“某某本质”、“某某有效成分”上去，成果虽然出了一大批，却并没有对中医理论发展起实质性的作用，临床应用价值也不大。以自然科学基金为例，2005年资助的173个中医药项目中，某理论的研究占24%，某法（方、药）治疗某种疾病的研究占57%，某药有效成分研究占18%，其他不到1%。值得注意的是，中医辨证，西医辨病，上述数据中占57%的某法（方、药）治疗某种疾病的研究与中医辨证论治没有关系。也就是说，按照中医理论进行的研究不足三成。获得国家科学技术进步奖的中医药成果也体现了这一趋势。在1998～2004年的25项成果中，大部分属中药或中药材鉴别的研究成果，有的属西药成果（如青蒿素及其衍生物抗疟疾的临床研究和推广应用），有的属中西医结合研究成果，真正按中医药规律进行的临床研究很少。而且无论得奖与否，除极个别外，中医科研成果的临床推广应用也收效甚微。
贾谦认为，从上述数据不难看出，学术界对中医药现代化的认识较为片面，即过分强调研究中医药的所谓“实体本质”、探求中药的有效成分，过分强调对微观结构的认识、注重分离提取，从而忽视了中医药学的基本规律，注重用西医药学的分析还原的方法研究中医药。这种对现代化的片面的认识，缺乏发展性和创造性，并把研究重点放在物质的研究上，忽视了中医自身的研究，存在着方向上的偏差，因而很难取得突破。
中医科研倡导我主人随
贾谦认为，由于指导思想有误。长期以来，我国对中医科研的判定标准，基本上遵从西医药的科研规范和要求，一切均按现代医学的生化、生理、病理等具体实验室量化指标来执行，始终未能形成真正符合中医科研自身发展规律的标准体系。这一点在中药的研究中尤为突出。然而，中、西医学间的巨大差异导致西医学的方法并不适用于中医科研。因此，中医科研要想获得发展，必须坚持自身特点，建立我主人随的方法与标准。此外，中医药科研严重脱离临床实践也是导致方向性偏差的重要原因。中医是门实践学科，临床是中医科研的基础。这不仅体现在临床实践的确切疗效，同时也表现在中医理论来源于医疗及生活实践。即先有大量的实践，在实践过程中形成经验，在经验的基础上提出一些概念和方法，这些概念和方法再发展成为一些原理，再用这些原理试探着解决一些实际问题，以证明这些原理的正确性，反复多次后就形成理论体系。目前的中医科研多是在脱离临床的实验室中完成的，因而难以对中医理论的完善、中医临床方法的丰富产生帮助。就是从事临床工作的中医药人员，其临床能力也已大为缩水。
据中国科技信息研究所中医药发展战略课题组在安徽、湖北、甘肃、贵州、吉林等省进行的调查显示，即使是在中医药特色保持最好的中医院，其临床收入中，也是西药和中成药的收入占70%以上；只有10%的中医医生能按中医思维来看病，一部分中医医生不会用中医的望闻问切的诊治手段，也不会辨证施治，甚至不会开汤药处方。
贾谦指出，中医药现代化的初衷是好的，但应该对现代化有一个科学合理的认识。若片面地将现代化理解成西医化，反而会影响中医药学的健康发展。他表示，中医药的现代化研究必须在尊重其自身特点和规律的前提下进行。科技部设立中医基础理论专项，并请全国名老中医邓铁涛作为首席科学家，为按自身规律进行中医科研开了个好头，希望能够在学术界引起广泛的重视与思考。
