昌都地区藏医院是一所集医疗、预防、保健、科研和藏药生产为一体的二级甲等医院。建院于1987年，2005年10月通过创建二级甲等医院验收。经过20多年的努力建设，医院软硬件建设有了较大改善，在治疗心血管系统疾病、肝胆疾病、风湿疾病等方面取得了显著成绩，医疗质量和服务水平有了大幅度提高。建院以来，先后有多位党和国家领导人前来我院视察。全国人大常委会副委员长、十世班禅额尔德尼·确吉坚赞大师为我院亲笔题词。曾荣获“全国卫生文明建设先进集体”、“全国藏医药工作先进集体”、“全区卫生系统文明单位”等多项国家、自治区和地区的表彰奖励。
目前医院占地面积10800平方米，总建设面积13626平方米，固定资产2000多万元。根据1996年机构改革的机构设置，编制110名，内设科室8个。目前，该院有专业技术人员83人，其中，副主任医师8人，中级职称31人，初级职称44人。
门诊部设有心脑血管、胃肠、肝胆、骨伤、针灸按摩、风湿、药浴药蒸等藏医诊疗科室以及胃镜、B超、检验、放射等辅助科室，并设有藏西医结合门诊室和西医急诊室。高血压、肝胆、药浴药蒸、骨伤科为藏医特色科室，其中肝胆专科为国家中医药管理局、自治藏医药管理局批准重点建设的专科。
设有床位103张,实开床位80多张，近年，年均门诊量5万余人次,住院量900余人次，没有发生医疗事故及纠纷，群众口碑及社会评价良好。
医院设有藏医药研究室，专门负责藏医药的研究和开发工作，有专职研究人员5人。大力加强藏医药基础研究工作，建设藏医优势病种特色专科，已建成的藏医肝胆专科是国家中医药管理局立项重点建设的专科之一；研制出了一系列疗效显著、确切的藏药；组织编纂的藏药本草纲目《晶镜本草》荣获首届国家民族科技研讨会优秀论著一等奖、第三届中国民族图书二等奖、西藏自治区科技进步二等奖；开展的大骨节病防治研究成果荣获自治区科技进步一等奖。科研工作近年来连年被地委行署表彰为科技工作先进集体。
近年来，积极开展全区、全国学术交流，共发表学术论文220多篇，其中国际论文6篇，省级论文100多篇，地级论文110多篇。
