口腔：新生儿的口腔粘膜柔嫩，唾液腺分泌量较少（一般要生后4个月才达成人水平），唾液中分泌型免疫球蛋白A含量甚微。因此生后头3个月婴儿的口腔粘膜相当干燥，容易发生口腔炎与鹅口疮（白色念珠菌感染）。在齿龈切缘的粘膜上，有时可见到米粒样黄白色突起，这是上皮细胞堆积或粘液腺潴留肿胀所致，俗称“马牙”。可自行消失，切忌擦拭、挑割，以防糜烂，感染，甚至引起败血症。
新生儿颊部皮下脂肪较面部其它部位发达，在颊肌表面和颊、嚼肌之间，有一团脂肪块，张大口时在颊粘膜处可见此颊脂垫，俗称“螳螂子”是正常现象。同样切忌挑刺，以免引起面部感染等。
胃肠 新生儿胃呈横位，肌层发育差，贲门较松弛，而幽门括约肌相对较发达，加之胃容量小（初生时30～35ml，2周时60～70ml，1个月时为90～105ml），故易发生溢乳或呕吐。新生儿胃解脂酶含量较低，但母乳含有解脂酶；胃酸酸度较低，与酪蛋白宜在低酸度中消化相适应，故新生儿对乳类特别是人乳消化良好。新生儿肠道的蠕动较快，下部尤甚。出生时咽下的空气2小时内就能在回肠见到，3～4小时到达直肠。其肠道相对地较成人长，与身长之比约为1：6(成人为1：4)，肠系膜相对地也较长，肠壁肌层薄，易有蠕动功能紊乱而引起呕吐、腹胀，甚或发生肠扭转、肠套叠。
粪便 新生儿绝大多数在生后12小时内开始排出粘稠、黑色或墨绿色的胎便，系胎儿肠粘液腺的分泌物、脱落的上皮细胞、胆汁、吞入的羊水或产道的血液等的混合物。生后3～4天转为黄色粪便。若生后24小时未排便，应检查有无消化道先天畸形。
