裘氏认为，对邪正关系的认识和处理方法，充分体现了中医学治病的指导思想，也是中医学特色之一。
裘氏从中西医学形成的历史条件、观察方法以及理论体系的不同，分析了它们对邪正关系的不同认识。西医学根据细胞病理学理论，比较注重于病原体的探求和局部病灶的形态改变，即偏重于“邪”的观念；中医学虽然也注意到六淫、七情、疠气以及痰、瘀等对机体的危害性，但强调“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”的理论，着重于人的整体的元气的作用----即“正”的观念。客观事实也证明：在流行性感冒、肠伤寒等传染病流行的季节里，许多人群都接触了病原体，但并非人人患病，只是一部分抵抗力较弱的人容易罹病，而另一部分抵抗力较强的人安危无恙。现代各种预防疫苗都是通过提高人体的免疫能力而起作用的，这就更加证明防治疾病对于“正气”的重要性。疾病的发生和发展，是由于邪正矛盾所产生，而正气则是矛盾的主要方面。
裘氏针对疾病的发生、发展情况，进一步分析了中西医学对治疗的指导思想和治疗方法的区别；西医学主要以消灭病原体或可能切除的病理组织作为治病的手段；中医学则重视调动人体自身存在的抗病能力，达到驱除病邪和修复功能的目的。前一种方法是能够解决一些问题的，也有它的优点，但有时往往损伤正气而导致某些不良后果。例如，应用各种抗菌素、化疗、放疗、手术等后，发生过敏、抗药性、菌群失调、后遗症及其它医源性疾病的情况，在临床中时的发生。后一种治法，则旨在调动体内一切积极因素，用自身固有的力量以祛邪愈病或者祛邪保正，一般较少发生毒副作用。简言之，西医重视祛“邪”，中医强调保护正气。清代医家徐灵胎曾经说过：“诊病决死生者，不视病之轻重，而视元气之存亡”。这就是中医治疗学的主导思想。
裘氏认为，扶正与祛邪，是对立而又统一的关系，两者不可偏废，但我们应该分清其中的主次关系，在临床施治时还要衡量邪正斗争的力量对比，以决定先祛邪后扶正，或者先扶正后祛邪，也可扶正与祛邪同用。总之，必须具体问题具体分析，一般以不损伤正气为前提。
裘氏治疗某些慢性病、疑难病主张采用“养正徐图法”、“培补脾肾法”等，收到了较好的疗效。特别是一些恶性肿瘤患者，往往初无察觉，及至发现，病届晚期，已失去手术时机，采用放疗、化疗，又难以忍受其副作用以致不能完成规定的疗程而被迫中止治疗。此时病者处于邪未除而正大衰的状态，治疗颇为棘手。裘氏认为，有形之积不能速伐，无形之气所当急扶，存得一分元气便有一分生机，故治疗从扶正着手，或补气益血，或培元益明，或健脾填精，或扶阴益阳，待正气渐渐苏复，再继扶正与祛邪兼顾。经用此法恒心调治，使不少病人减轻了痛苦，延长了生存期。裘氏体会，目前采用攻伐的方药治疗恶性肿瘤的疗效尚不敢断言，但用扶正方药可以提高机体诸多抗病免疫能力的治疗作用，已被学术界所公认，深信对这方面的深入研究具有很大的潜力。
