魏晋南北朝时期，针灸科取得了显著进展，主要表现在针灸学科的确立。
针灸学科确立的显著标志，是针灸学大师皇甫谧根据《灵枢》、《素问》与《明堂孔穴针灸治要》三书，参考《难考《难经》等古代医学文献，总结了春秋战国以来针灸学的经验与成就，撰成《黄帝针灸甲乙经》十二卷，一百二十八篇，集针灸学之大成，为中国现存最早的全面系统的针灸学专著，为我国针灸学的发展奠定了坚实的基础。
这一时期的针灸学，大致有以下几个特点：
（一）针刺治疗的成就
1．发展腧穴理论：皇甫谧《甲乙经》在《黄帝内经》130多个穴和《脉经》基础上，对十四经穴，作了全面系统的归纳整理，增加到349个，将每个穴位的别名、部位、取法、何经所会，针刺深度、留针时间，禁针穴误刺后甲等，皆具体载述。穴位排列的次序，按头、面、耳、颈、肩、背、胸、腹、手三阴三阳、足三阴三阳经，由四肢至头面、躯干、依次向上向心排列；虽还没有完全与十四经结合起来，但却为腧穴经络相结合，开辟了新途径。
《甲乙经》记述有别名的穴位70多个，都形象而准确地概括了穴位的位置与功用的特点。
《甲乙经》对349个穴位的位置与取穴方法，都有具体准确的记叙，有的根据患者口腔活动取穴，有的根据患者体表静脉分布取穴等，对提高穴位定位的准确率，具有重要意义。
《甲乙经》载有80多个会穴，后世极少增减。这些会穴，大多分布于头面躯干部，如大椎为三阳经与餐脉之会，不但能治督脉本经“脊强反折”等病证，且能治疗所有三阳各经的病证，其交会穴理论，不仅为后世考察和确定穴位提供了依据，对扩大穴位的主治范围，亦有重要意义。
2．针刺操作方法进步：《甲乙经》对每个穴位的针刺深度，都作了说明、规定。对200个常用穴位留针时间，亦作了说明和规定。对误刺禁针穴位所能造成的后果，作了具体阐述，对禁针穴误刺所生后果，已有具体分析。
（二）灸法的成就
魏晋南北朝时期，灸治疗发展迅速，成就显著。其中，以葛洪《肘后备急方》和陈延之《小品方》较为突出。
在葛洪前，王叔和首倡灸治疗，其所著《脉经》，即提出“灸百壮”之说。
皇甫谧对灸治疗的发展，亦作出评著贡献。《甲乙经》对施灸壮数，一般每次为3～5壮，其中，头、面、颈、肩、背等处，多为灸3壮；脑、腋、腹部，多为灸5壮；最少者为井穴，只灸1壮；最多者为大椎穴等，灸9壮；个别穴位如环跳等，灸50壮。《甲乙经》还提出禁灸穴位，并指出误灸的不良后果。
葛洪倡导以针灸救治急证，为其突出特色。《肘后方》共收录针灸处方109首，其中，灸外方99首，广泛应用于内、外、妇、儿、五官等科，三十多种病证，其对灸作用、效果、操作、技巧、忌宜等，都作了全面的阐述其主要成就，大致可归纳为以下三点：
（一）急证用灸：《肘后方》提出以灸法救治卒中、恶死、昏厥、寒湿、霍乱、吐泻、痈疽、狂犬咬伤、蝎螫等卒发急证。甲穴较少，记忆方便，施灸方便。
（二）以灸补阴：《肘后方》以一壮、三壮、五壮、七壮为基数。然后以七为倍数加壮，为二七壮、三七壮、四七壮等，以七为阳数的代表，加倍翻番。其先阳后阴，从阴到阳，以阳治阴等灸治疗原则，亦无不体现了其以补阳为主的学术见解。
（三）灸不固定用艾，灸亦可隔物：《肘后方》为便于急救，除应用艾灸外，在仓卒无艾时，亦用竹茹、黄蜡、纸屑等为代用品。其中，竹茹、黄蜡，既有艾炷的温熨作用，又有艾炷所没有的清热开窍，通经活络等特点，所以，它们是艾炷的理想的代用品。《肘后方》还以隔蒜、隔盐、隔面、隔瓦甄等施灸为灸治疗的多样化发展，开辟了新途径，成为隔物灸的最早文献。
葛洪以上建树，对后世灸治疗的发展，影响极大。
继葛洪之后，陈延之《小品方》重视灸，并灵活应用，他认为灸具有简便易行、应用范围广泛、效果良好等优点。
《小品方》认为，只有恰当地掌握火量，才能使火气沿着经络达到病变部位。火量过大，易燃伤机体；火量过小，火气不能抵达病变部位，不易发挥治疗效果。对用灸壮数，中有一般要求，但主张就根据地域、气候、体质的不同，分别对待。其用灸壮数，多至100，少仅14，即同一种病，也有100壮、50壮、随年壮，或一日三次用灸的区别。取穴特点是少而精。
