(一)杂病
两宋时期是中国医学史上一个高度发展的时期，尤其医学理论研究的深化是此期医学的一个显著特点。这一特点也相应地反映在此期内科杂病学术的发展中。
病因病机的理论发挥
南宋医家陈言在《三因极一病证方论》中提出著名的“三因论”还注意到致病因素相互间的密切联系，并以之论证杂病的发病原因。如咳嗽，“要之内因七情，外合六淫、饮食、起居、房劳、叫呼、皆能单复倚互而为病。”陈言强调多种因素复合性变化的思想，揭示了导致疾病产生的内涵所在，这不能不说是病因学的一个进步。
病机理论的发展至宋代有了新的趋势，主要表现在对阴阳偏颇、生克等机制的强调上，杂病病机尤多体现，以体内阴阳的偏胜。说明了在病理上的变化和属性以及临床上的各种表现。
气机的升降乖逆也颇受重视，如《扁鹊心书》记载脾胃损伤，升降失调，可导致怔仲。
《济生方·吐衄》指出：“夫血之妄行也，未有不因热之所发。盖血得热淖溢，血气惧热，血随气上，乃吐衄也。”对胸痞的病理，也认为是“下虚，气上控膈”所致，与气机的升降不无关系。
两宋时代盛行一时的“运气”之说，亦波及到杂病病机理论之中。如《史载之方》叙述了“夫病之所起，其来有根源，其次有传受，其传有刑?”的发病规律，就是脏腑间五行生克乘侮的病理机转。
辨证理论的进一步系统化
宋以前，不少医家则重汇集方药的倾向较为明显，至北宋初叶，这种情况仍然存在。而在两宋时期，辨证理论得到了较为全面的发展，除源于仲景《伤寒论》的六经辨证和八纲辨证理论得以进一步深化外，还提出并初步形成了主要运用于内科杂病的脏俯辨证理论。
北宋著名医家钱乙博学而有创意，他根据《内经》五行学说及脏腑分证的理论，总结了一套以五脏虚实为纲领的辨证方法。他认为，五脏有所主之证，同时又有虚实之别。如：心主惊，为神明之府，邪气忧心，或心脏内虚，则神失其守而发生惊悸不安。其因于邪实者，则兼有发热、口渴、心胸烦热等，其因于虚者，则于卧寐之中悸怯不安。钱乙虽在辨证中结合小儿生理病理特点进行论述，但仍不失为脏腑辨证纲领之雏形。
杂病的治疗与“局方”的流行
成书于北宋大观闰目的《和剂同方》(习称“同方”)，颇能体现此期内科杂病的治疗思想普遍存在注重扶助人体阳气的倾向。精炼了名目浩繁的汤方，纠正了当时漫无边际的方书流行倾向，且从广泛的实践经验中，发现了许多有效的验方和药物。例如流传至今的成药“藿香正气散”、“逍遥散”、“平胃散”、“苏合香丸”、“至宝丹”、“紫雪丹”等，都来源于此书，影响十分深远。同时，该书载有大量的的芳香行气药物，对促进气机顺畅有比较显著的效果，对后世行气药的应用，产生了一定的影响。由于书中多采取丸、散等剂型，所以应用方便，易于保存，它的流行对杂病的救治，无疑产生了积极的作用。
但另一方面，局方有偏用温燥之弊，如治风诸门中的热药，几乎全由香燥之品组成，其次更多为参、桂、乌、附、等燥热之药，形成了社会上喜用“暖药”的不良风气。同时鉴于该书是官府颁定的方书，有些医生因循守旧，处方用药墨守成规，以致形成泥于“局方”的流弊。
具体病证认识与临证水平的进展
对杂病的认识水平也有所提高，表现在治疗方法上也更丰富而有效。
水肿
宋代对水肿的认识有较多的记载，张锐《鸡峰普济方》对该病的临床表现有比较详细的描述：“项胫脉动，睡起眼浮，下如蚕卧。足胫肿，眼间冷，身重倦行，行即喘急，”指出水肿全身症状及肺脾肾三焦气化失司，阴水泛滥的病理机制。并进一步阐述该病日久“积年不去”，水湿与溶血互结，“其病面目黧黑，手足逆冶，身体枯燥，肌肤甲错，身无润泽，渐渐赢瘦”的晚期并发症。该书记载治疗水肿方剂78首，对重症多用丸、散，丹剂共47首，其部分方剂组成中分别含有粉霜、轻粉、水银、雄黄、硇砂等金石药物，重剂缓投，临床疗效肯定。
脚气病
宋代积累了较为丰富的辨证施治经验，出现了治疗该病的专著《脚气治法总要》，作者董汲对本病的病因、发病、证治方剂及内外治法等都有新的见解。例如病因，隋唐时代均说是风毒所致，而董氏认为致病原因主要是由于湿，但兼有冷热之别。治疗方法按证候、季节、地域、老少等特点进行了总结，较以前更为全面和系统。全书载方46首，计分总治法、寻常法、治其偏阴、治其偏阳、治老人血枯，治虚、治实、治风、治湿，风湿相兼、风湿挟虚，风湿瘴疠，兼淋闭以及外治法等。
风证
宋代对诸风病证有较全面的认识，元丰(公元1078～1085年)中太医局学生的学习科目中，设有“风树”，对于中风病。仲景有中经中络中府中藏之分：许氏在《普济本事方》中进一步分析道：“风中脉则口眼喎斜，风中府则肢体废，风中藏则性命危。”其治法抓住标本缓急，见卒然扑倒，不省人，口眼喎斜，半身不遂等证，急则先用开关，以救急稀涎散或胜金丸催吐，“得吐即省。”醒后则依“次缓而调治”，或月千金续命汤、排风汤、风引汤等扶正达邪、怯风通络，或用地黄洒、防风汤、防己汤等益气养血、宣通经隧，或用针灸“中风十二穴”辅治之。而《圣济总录》则有18卷86个子目专论诸风的辨证施治。对中风病、区分闭、脱之说，始见于宋，风证作为一种大证，当时诸医家在认识相辨证方面积累了丰富的经验。
(二)传染病认识水平提高
宋代对传染病的认识较集中地反映在各种《伤寒论》研究著作中。与晋唐时期主要在篇目上区分伤寒温疫不同，宋代医家力图从病因、病机、证候、治疗等各方面，对二者的不同进行探索。致力最深的是春夏二季的温热病。事实上这正是大多数传染病的好发季节。此期医家们已不满足于有用伤寒伏气来概括所有的外感热性病，提出了一些独立于伤寒之外的概念，如冬温与温疫，并强调了它们的传染性或流行性。为温病学的独立发展打下了基础。
冬温：冬日温暖，人感乖戾之气，未及时发病，至春乃发，称为冬温或温毒。临床表现已能指出：斑疹，如锦文，或溃烂为疮，兼有外感热病的一般症状。治疗以清热解毒透发为主，在病因和传染特点上强调：其为感冒非节之气为病，故人人皆感，每每成疫。
温疫(天行温病)：强调：四时自感乖戾之气而成。特点是热重于伏气温病，而且具有流行性，重则流行天下，次则一方、一乡，或偏著一家。庞安时将其归织成五种类型，治疗均以清热解毒为主。
由于以上三病强调了感受乖戾之气及具有流行性，并以此区别于伤寒，所以宋代有关温疫的理论虽然比较幼稚，且无温病学专著出现，却是寒温分家的重要时期。宋代关于冬温、温疫之认识。代表了当时医学家们对传染病的认识水平。
