中华人民共和国成立后，蒙医学在原有的基础上，发生了很大的变化，发展迅速，成绩可喜。与其他民族医药不同的是蒙医的现代史比其他医药要早一些，这是因为内蒙古自治区比全国大部分地区的解放时间要早近两年，即1947年，在这一地区已经成立人民政权。也是在这个时候，第一个蒙医机构蒙医学校就在乌兰浩特成立，它的前身是医务养成所。学校的成立，开始了蒙医人才的现代教育，培养了一批专业蒙医，为牧区广大牧民的医疗事业做出贡献。与此同时，自治区还在1948年对中蒙医进行考试，保证蒙医的技术质量。
第一届少数民族卫生工作会议于1951年召开后，蒙医形势有新的发展。如在全区5000多名中蒙医中，到1953年止，就有4千多人被吸收参加工作，蒙医的社会地位在逐步提高。虽然如此，从总的方面看，蒙医的发展在五十年代初期仍不够理想，进步不大。这也与当时全国中医（广义中医包括少数民族医学在内）总的形势处在低潮有关。只有到了1953年中共中央发出了纠正在中医工作中的偏差和错误的指示之后，蒙医的情况也随着全国中医大形势的好转而逐渐走上轨道。如在1955年，在呼市就曾召开全自治区的中蒙医代表会议，其中有49名代表是蒙医。次年，中央卫生部先后发布通令，废除了有关限制中蒙医的规定，吸收蒙医药人员参加国家医疗机构，极大地调动了蒙医人员的积极性。1956年，在呼市成立了内蒙古中蒙医研究所，把区内各地学术水平较高、具有丰富临床经验的老蒙医药人员调来举办蒙医研究班、进修班，同时组织老蒙医对蒙医药古籍进行翻译、整理。1958年，又在呼市成立内蒙古中蒙医院，各级医院根据实际需要出发，相继成立蒙医科，农牧区旗县增设蒙医医院和中蒙医院，在边境地区成立以蒙医为主的边特区苏木卫生院。同年，在哲盟库伦旗建立蒙药厂，蒙医药机构日臻完善。
为了培养蒙医人才，使蒙医学术后继有人，五十年代初中期，普遍为老蒙医配备助手，招收徒弟。正规的学校教育，也开展起来了。1956年在呼市开办蒙医进修学院蒙医系，通过正规院校来培养人才。
五、六十年代，对蒙医古籍开展整理和翻译工作，仅中蒙医研究所一家整理的蒙藏经典就有十多部。还新编了一些新的蒙医著作，如《蒙医药学概要》、《中蒙医验方集》及其他一些临床疾病的诊治专著。蒙医的医疗事业也有很大发展，常用的一些蒙医独特疗法如酸马奶发挥了很好的治疗作用，并获得自治区奖励。
近二十年来，蒙医药的各个方面都有飞速的进步。到1995年统计，全区有蒙医医疗机构47所，也是1995年的统计，目前全区共有蒙医药人员3972人，其中蒙医人员3214人，蒙药人员758人，其中高级职称人员共64人。蒙医药人员占全区卫生技术人员的3.88%。
1977年恢复高考招生制度，并在通辽新建一所蒙医学院，设蒙医、蒙药专业，成为培养蒙医药高级专门人才的基地。同时，盟级5年中等专业卫生学校增设蒙医专业班。此外，还通过举办为期二年的蒙医研究班来提高蒙医的科研水平，培养科研人才。
在蒙医药科学研究方面，也获得可喜的成绩。如1986年获国家卫生部科技重大成果奖；蒙药通拉嗄601治疗原发性血小板减少性紫癜及再生障碍性贫血的研究，1991年获内蒙古科委科技进步二等奖。
改革开放以来，在整理蒙藏医学古籍、翻译注释、发掘研究等方面，也做了大量工作。在原有蒙译《医药月帝》（藏医称《月王药诊》）、《四部医典》、《晶珠本草》等经典著作外，蒙著古代著作如《观者之喜》、《方海》、《珊瑚验方》、《蒙药正典》（出版时改名为《无误蒙药鉴》等，也都重新整理排印出版。此外，现代新的蒙医著作也不断出现。这值得提出的有，集全蒙医界精英著成的《中国医学百科全书·蒙医分卷》，已于1986年正式出版，其汉译本也在1992年问世，获得好评。还有吉格木德的《蒙医简史》，此书于1985年出版。1991年补译成日文，并获第二十九届日本翻译文化奖；包金山的《祖传正骨》，介绍了蒙医正骨历史，蒙医正骨特点以及整骨方法和技巧、专论（或各论）部分介绍了人体骨酷解剖、骨酷和关节构造、形状、作用、连接大致情况，并论述了骨折脱臼的原因、分类和分析、正骨原则、正骨和按摩医术。
