(一)太医院
鸦片战争以前，清代医事制度多沿袭明朝旧制。顺治元年(1644)设太医院为独立的中央医事机构。为帝后及宫内人员诊视疾病、配制药物，也担负其他医药事务。最初设院使一人(正五品)，左右院判各一人(正六品)，掌太医院事。其下设御医10人、吏目30人、医士40人、医生20人、切造医生20人，分掌所属事务。以后历朝，院官员额各有增减，雍正八年(1730)添设食粮医员30人。乾隆二年(1737)题准食粮医员之设永为定例。自院使以下各官具为汉缺，乾隆五十八年(1793)特简满大臣一人，管理院务。
院官的升除。院使由左院判升补，左院判由右院判转补，右院判由御医升补。御医、吏目、医士等官，初由各省选举精通医理的人报太医院，由院考选补用。
(二)御药房
御药房是供应宫内所需药物的炮制及各型成药加工制备的机构，顺治十年(1653)设，属总管首领内监经理。康熙三十年(1691)裁总管首领内监，改派内管领一人，副内管二人兼管。
御前药房分东西二所，由太医院医官轮流为皇帝值班。西御药房由院使、院判、御医、吏目分班侍直，叫作“宫直”。东御药房由御医、吏目、医士分班侍直，叫作“六直”。
圆明园药房、西范寿药房，太医院亦如给事于内廷，都派医官侍直。皇帝巡幸，院官或奉旨特派，或按班轮委随驾侍直。
(三)药库
药库，也称生药库。由医士中选委二员管理药库，买办药材，二年一换，升授吏目。凡各省出产药材地方，每年照例解运药材，交纳药库由管库委官验收贮存。其药材均以生药交进，经管理药库医官验看，由御药房处于差役地位的“苏拉医生”或以民间召募的“民医生”切造、炮制备用。
清代对东北地区所产人参实行皇家专采专卖制度，作为最高统治者宫廷特供生活的重要经济来源和保障。因之，御药房的人参使用，控制较严，实行交请应用办法，无定额限制，用完时，开明耗费数量，并将需用数及职名奏呈，再行请用。
(四)社会抚恤组织
清初仿照明朝制，有施药例。顺治间曾在北京景山东门外建药房，令医官给满汉军民施药，康熙中期曾一度扩充，在五城地方设厂施药，至四十年(1701)停止。
清代统治者及地主、豪绅、为了缓和阶级矛盾，兴办有养济院、普安堂、育婴堂及粥厂等，让会抚恤组织，收养社会上的贫孤无靠者，以示恩泽民众。
养济院明代已有，英宗天顺间谕户部令顺天府在大兴、宛平二县各设养济院一所。清沿前代例，在京都及全国各地设置养济院，养赡鳏孤寡独，残疾无依靠的人，政府拨给银两和口粮，地方士绅有乐于资助者，任其捐献。乾隆间还把年逾六十或成笃疾者、不能食力的军流等犯人，拨入养济院，按名给孤贫粮。
京城及外省还有普济堂，收养无依靠的体弱多病老年人。乾隆初年定，大口日给米八合，小口减半。
我国自古以来把“慈幼”视为美德，宋淳佑间，创立慈幼局收养道路遗弃初生婴孩。清代则有育婴堂创立，收养抛弃或无力养育的婴儿。
