金代的医学创新理论，元代流传到南方，经过朱震亨的发挥，又有了新的发展。
朱震亨早年从许谦学习理学，后转而习医，曾师从杭州名医罗知悌学习刘完素、张从正、李杲三家之说，深感三家各有短长，在前人创新理论启发下，他结合自己的体会及理学造诣，倡“阳有余、阴不足”理论，开拓了元代中期医学发展的新局面，成为后来形成的“滋阴派”的宗师。
(一)反对拘泥《同方》：
按北宋时官方成立的“大平惠民局”和“和剂局”，本是便民措施，但当时无论是民间还是医生，如遇疾病，常常以该书据证检方，这种对《局方》应用方法，早在朱震亨拜罗知悌为师时就已有不同认识，为此，他特著《局方发挥》，指出：人之一身，血气有浅深，体段有上下，脏腑有内外，肌肤有厚薄，形志有苦乐，年纪有老小，病的时间有长短，接受药物能力各有不同。而在治疗上，医生还要考虑四时、地域、某经用某药、正治、反治，君臣佐使，药量轻重等，医生必须综合观察后始可用药。而《局方》则是各方之后条述证候、药物分两、修制方法外，就没有其它议论了，这样使一方通治多种疾病，应用时表面看立法简便，如果过于拘泥，其实就是“按图索骥”，不符合辨证施治原则。如治大肠便秘，秘有风热、风虚的区别，其他证候无不尽然，均需辨证施治，没有“一方可以通治”的道理。朱氏指出：“夫良医之治病也，必先求其得病之因。《局方发挥》一书，虽然篇章不大，但论述谨严，辨理精透，给后世医家很大启示，使中医辨证施治思想重新得到发扬，并对当时民间病家及医学界以《局方》对号求药偏向起了纠正作用。
(二)倡“阳有余、阴不足”论：
朱震亨在“格物致知”思想影响下，手著《格致余论》阐发医理，以“格致”命名，表明他秉承宋熹哲学思想馀绪立论。“阳有余，阴不足”这一观点最早源于北宋程灏、程颐，他们曾说：“天地阴阳之运，升降盈虚，未尝暂息，阳常盈，阴常亏。一盈一虚，参差不齐，而万变生焉。”受这一思想启发，结合人体生理病理特点，朱震亨创立了“阳有余，阴不足”论。他认为古人规定男女必须在近三十岁或二十岁时始议嫁娶，原因就是到这一年令时，人的“阴气”始成，才可与“阳气”相配。但这种阴阳相配时间，一个人只有三十年光景，女子四十九岁(阴)经断，男子六十四岁(阴)精绝。(故人体阴气难成易亏)加之人常因饮食不节，色欲过度，生活调理失常，引动相火、耗伤阴精，这样很难保持阴平阳秘。
上述观点认生理、病理、摄生调养等方面把人体“阳有余，阴不足”的特点，提高到了一个很重要的位置上，形成突出的理论特色。
(三)相火论：
朱震亨的“相火”论，是在他“阳有余、阴不足”的理论上产生的。他认为，人身有君火、相火之分。“形气相生，配于五行，故谓之君，”生于虚无、守位禀命。因其动而可见，故谓之相”。人之生亦恒于动，这全是由于相火的关系。相火寄于肝肾二脏，肝主木，肾主水。胆者肝之腑，膀胱为肾之腑，肝肾之阴，悉具相火，可见相火在生理上有重要作用。而人之情志、饮食不节，常易引动相火，煎熬真阴阴虚则病，故这时相火便“为元气之贼”，在病理上为害较大。
(四)治疗杂病具有特色：
朱震亨不仅在医学理论上有自己的见解，同时，在杂病治疗方面也有特色。首先，他十分重视对火证(内火)的治疗，对实与虚的关系，他又有自己的独特认识，他认为阴虚与火旺密切相关，故临证宜以滋阴为本，即所谓“补阴即火自降”，以泻火为标，即“泻火为补阴之功“，从而创立了阴虚发热的治疗。对其他杂病治疗，他强调“气、血、痰、郁”之因，用药有自己的规律、即属于气之病，用四君子汤；血之病用四物汤；痰之病用二陈汤；久病属郁，治方有越鞠丸。
朱震亨成名后，陆续有王履、赵以德、戴元礼、刘淑渊等先后师从之，使其学说得以继续发展，在元末明初形成明显的学派流风，其中尤以戴元礼最得师传。曾著《证治要诀》十二卷，论述内外各科杂病，理趣深远。他还校补朱震亨《金匮钩玄》一卷，阐发各种杂病治疗，大体均以清热滋阴为宗，对朱震亨医学思想颇多发挥。
