(一)散在的医史资料：明代留有丰富的医学史料，有不少是散在于各种书籍中的。一是明代编写的《元史》及明代各个皇帝的《实录》，多有医事制度、医家活动、疾病史等方面的材料。明代各种文件档案，官方编写的大型丛书如《永乐大典》等，也是医学史料的重要来源，二是地方志，常有正史见不到的内容，明代编写地方志之风甚盛，从清代编写的《古今图书集成全录》所收医史材料可以看出，大部取材于明代地方志，既有明代以前的医史资料，也有丰富的明代医史资料。三是名人文集，宋濂集中的《周汉卿传》，黄宗羲《南雷文定》中的《张景岳传》，戴良的《丹溪翁传》等，他们由于生活于同时代或相近时代，常能得到不可多得的第一手资料，四是笔记小说中常有医史研究的记载。五是医家著作，徐春甫的《古今医统大全》介绍了270多名医家；李的《医学入门》叙述了医学源流，介绍了一些医家的事迹，孙一奎在《赤水玄珠》中为张仲景、张子和、刘守真等人写了《张、刘、李、朱、滑六名师小传》。此外医学著作自身，它叙述的源流、师承等，均是珍贵的医史资料。
(二)专题医史著述：最早以《医史》命名的医家传记明代出现了以《医史》命名的医家传记，由李濂撰写。李氏以古文著名当时，有《医史》10卷，实为古代医家传记，与书名不称。收录医家71人，其中55人来自《左传》等正史，包括医和、淳于意以至李杲等，10人采自诸家文集，自宋代张扩迄于张养正，6人为李氏补撰，为张机、王叔和、王冰、葛应雷、戴原礼、王履。传下附有论述。一般认为此书考核未精，多疏漏。
殷仲春的《医藏书目》，是现存最早的医学书目。本书于1656年由其孙观国刻印。生卒年月不详，书目录有谬仲淳、陈实功、张三锡诸人之作，可断定为明末人。此书分类采释氏之名，分无上、正法、法流、法水、结集、旁通、散圣、玄通、理窟、机在、秘密、普醒、印证、诵法、声闻、化生、杨肘浸、妙窍、慈保、指归、法真诸函。每函之前扼要总结，说明本函特点。天上收医经；正法主要收伤寒著作，但纳有东垣及太医院医书；普醒收本草；化生主要是妇科书，妙窍主要是针灸书；劳保主要是幼科书。指归也收《内经》、《难经》。本书编目虽有分类，但互相交错，不够清晰，有的分类十分勉强。段氏撰书态度实事求是，未见过完整书籍的，阙疑不书。限于见闻，错漏仍不少。对了解医史和医学目录学，极有价值。
明代的全书、类书、丛书和入门书。
明代社会稳定，造纸工业发达，印刷技术进步，交通也较宋金元时期有所发展，为医学书籍的编撰刊印创造了良好条件，出版了大量的全书、类书、丛书和医学入门书。
明代全书、类书和丛书多由私家收集、整理、编纂和刊印，他们在一些助手帮助下，常殚尽毕生精力。
徐春甫的《古今医统大全》，是搜罗丰富的全书。前7卷属基础理论部分，第8至79卷，分病为161门，每病论述较系统全面，除引录文献外，附有个人见解。后21卷，为临床各种及方药杂论。
张介宾的《景岳全书》戴思恭的《证治类廖》、楼英的《医学纲目》、王纶的《明医杂著》、龚信的《古今医鉴》、虞传的《医学正传》、皇甫中的《明医指掌》、孙一奎的《赤水玄珠》、李梃的《医学入门》、李中梓的《医宗必读》、武之望的《济阳纲目》，均有全书性质。
王肯堂的《证治准绳》是采摭丰富条理分明的类书，收有杂病、伤寒、疡病、妇科、儿科的理论和方药，查阅方便，且附作者经验和见解，受到后世推崇。张三锡的《医学六要》也有类书性质。
明代出现了多种形式的丛书。一类汇集古代医书，王肯堂辑、吴勉学刊行的《古代医统正脉全书》最为著名，全书汇刻古代医书44种，重要著作搜罗殆遍，校勘仔细，颇多善本。一类是个人著作辑录，薛己的《薛氏医案》16种，汪机的《汪石山医书》8种，万全的《万密斋医书》20种，李中梓的《士材三书》。有些也可说是医家个人的全书。
医案专辑：明代医案专辑，首推《名医类案》。作者穷搜博集，分门别类，并附自己验案和分析，因切临床实用，颇受后世欢迎。
明代医家著作中，多附作者验案，条分缕析，叙述疑难症的辨析和治疗，示人以规矩，明代以医案命名的独立著作亦不少。对研究中医临床医学发展特点与规律，对疾病史、诊断治疗史的研究，具有参考价值。
汪机的《石山医案》、薛己的《薛己医案》、孙一奎的《孙东垣医案》、王肯堂的《王肯堂医案》在个人医案中较有影响。他如聂久吾的《奇效医述》等十余种医案，都有不少精彩内容。
医学入门书：医学入门书对培养医生，进行医学教育，不可或缺。世医世代相传，或师徒相授，对普及医学知识，有不少限制。弃儒入医、特别在穷乡僻壤，更需学医门径书。一些医家注意到这点，所写医著，照顾到有经验者，也顾及自学者。
刘纯《医经小学》是明初的医学入门书。成书于1388年，共6卷。分本草、脉诀、经络、病机、治法、运气六部分。引用医学著作20余种，撮其旨要，以为编次。为初学易记，用四百或七言韵语，间附按语，以为诠释。
李梃的《医学入门》是在《医经小学》基础上编写的。文体是叙述与韵语相结合，必须记忆部分常用韵语。李氏要求习医者医德与医术并重；这一医学教育思想，很有价值。本书取材广泛，内容丰富，是重要的医学入门书。
李中梓的《医宗必读》也是有价值的医学入门书。对初学医者必须掌握的内容，叙述得简明、准确、易理解、切实用，很受后学欢迎。
