(一)中医教育
台湾中医界为争取举办高等中医教育，先后与日本殖民统治者、民国政府等进行了六十多年的抗争与申请，终于1958年得到批准。1958年在台中市正式开学。七十年代末，“台湾都市与乡镇居民之医疗保健行为研究”，发现都市家庭有60%曾看过中医，乡镇居民家庭有70%看过中医；中医的补方、补品、针灸、单秘验方及中成药，更是极为流行，或与西医疗法合并使用，这一调查之结果，也给中国医药学院的中兴以有力的支持。
中国医药学院在“经过一段荜路篮褛艰辛时日，本赖创办先进及历任董事努力，得以成长茁壮，至民国六十一年(1972)，陈立夫先生担任董事长，郑通和先生担任院长后……”。至1995年，“中国医药学院规模，已颇齐全，大学部有十个学系，夜间部亦有药学、护理两系，研究所硕士班有六所，其中三所设博士班”。十个系在校学生3968名，其中中医中药学系在校学生1267名。另外有中国医学研究所、中国药学研究所等六所培养研究生，共有硕士生141名，博士生52名，其中中医中药之硕士生57名，博士生35名。另外，该院还创设中药展示馆，1996年始正在改建为中医药展示馆，颇富特色。
中国医药学院有两所附设医院，即1980年成立于台中市附设医院，规模宏大，中西医学科齐全，是台湾中部地区容量最大的医院之一。另一所即1985年设立于北港的附设医院。两院均为中西医合作之医院，亦为医学系及中医系学生实习场所。
(二)中医中药科研工作
台湾地区研究中药之历史比较早，在日伪时期已有开展，但中医研究应当说是比较晚的。1957年，台湾国立中国医药研究所正式成立筹备处，1956年台湾立法院第十一次院会通过中医教育法案：设置中医学校及成立研究机构。次年成立中国医药研究所筹备处，1963年正式成立国立中国医药研究所。该所自筹备之日起至今己40年，其研究工作的重点似仍以中药之研究为最。
国立中国医药研究所经1995年元月立法院三读通过含54位研究人员共99人之编制，数十年来，除从事生药学及组织培养外，主要从事中药化学成分之分离、鉴定及合成，以期发现作用於心血管、中枢神经、免疫系统、抗癌及抗病毒之药物。也从事中药成份毒性及药物动力学之研究。
在其图书馆及资讯组，对中医典籍进行整理研究，并与中国医药学院合作，编辑出版学术刊物——《中医药杂志》。关于中医文献整理研究，如对《黄帝内经素问》等古典医籍的整理与编辑新解，出版推广。同时，编辑出版现代中医药专著与研究成果，以及期刊，目录、资讯网络、资料库、影像等等。
(三)中西医整合研究
1993年在台中创建了中西医整合研究会，推动交流中西医整合学术研究。
在癌症研究方面，运用先进的现代科学设备，采用中医辨证论治与针灸、割治方法，系统观察癌症治疗的经验，取得了若干有价值的结果。例如：中药的抗突变、中药诱导细胞分化、增加免疫系统功能等。
关于肝炎的研究：台湾乙型肝炎之发病率比内地更为严重，由台湾行政院肝炎防治委员会统筹规划，卫生署具体实施，国科会推动相关基础研究及乙型肝炎免疫制剂开发等，鉴于现代医学对乙型肝炎尚无理想防治方法，他们集中力量把研究重点转到中医中药。在临床研究方面确定研究模式，脉诊现代化研究，辨证分型研究，辨病治疗研究。
关于泌尿系疾病治疗研究：他们对中医治疗此类病的利水法、益气健脾法、清热利湿法、活血化瘀法、通腑逐水法、固涩法等结合肾小球肾炎、慢性肾炎、狼疮性肾炎、慢性肾功能不全、尿路结石、感染及肾移植反应等，进行了比较系统的观察研究，获得了很好的效果。
关于糖尿病研究：由国科会、卫生署联合在八十年代始，将糖尿病中医治疗与降糖方药实验研究以及有效方药成分提纯，纳入重点研究范畴。在筛选降糖中药方面，证实长春花、菝葜等20多种中药经皮下注射，有明显的降血糖作用，熟地等口服有降血糖作用，其中生地、苍术等降血糖作用强而持久。
(四)针灸研究的发展
七十年代初，台湾国科会牵头召集荣民总医院、三军总医院、台大医院、台大医学院、国防医学院等，成立了针灸研究小组。确定以传统针灸为基础，以现代医学技术及学理，观察针灸对疾病治疗、镇痛与麻醉之实效，从而探讨其生理、生化以找其作用机理。
为了交流内外经验，先后由国科会于1975年组织召开第一届针灸研讨会，有40多位学者报告了他们的研究论文。
1982年，由卫生署与中国医药学院联合举办第一届国际针灸研讨会。1986年又召开了第二届国际针灸研讨会，进一步促进台湾针灸的内外交流与深入发展。
台湾针灸之研究除基础理论探索与临床研究不断取得新的进展，积累与创造了不少新观点，新假说与某些成果外，使针灸学术在台湾获得空前的普及，不但中医界给予针灸学术以新的关注，更在西医界、生物物理等现代科学界得到学者们的重视。
(五)中医书刊整理与出版
1950～1969年，虽然在中医处境方面逐渐有所改善，甚至中医高等医学院校中国医药学院已经创办，国立之中国医药研究所也已正式建立，但出版中医药书刊仍是很不景气的。据统计：五十年代出版之中医书包括翻印者仅三种；六十年代虽有所增加，也只有12种，其中包括中医综合著作3种，内科1种，妇科1种，儿科2种，针灸2种，中药2种，方剂1种。
1970～1979年，随着中医在全球影响的进一步扩大，据统计在此十年间出版中医药图书多达40多种，尤以临床各科之图书增加更快。比前二十年年增长30多倍。
1980～1989年，台湾中医药事业得到进一步发展，中医药书刊出版市场扩大，社会需求日益增长，此期仅前五年出版的中医药书籍已达880余种。不但数量上进一步迅猛增加，而且在学术水平上也有了明显的提高。
中医药期刊，与中医药图书之出版大体相似，前期不但数量少，且多时办时停，质量亦较差。后期特别步入八十年代，期刊数量明显增加，仅1989年新登记的期刊就有8种，使其总数多达20余种，所刊学术论文无论在数量上质量上都有了显著的提高。九十年代以来，台湾中医药期刊逐渐增加了大陆学者的论文，使两岸中医药学术交流空前发展。台湾中医药学术刊物在国内外学术界影响较大者，当首推中国医药学院与国立中国医药研究所联合编辑出版的《中医药杂志》。
