一、医学教育制度的建立
1912年中华民国成立，不久教育部颁布了一些改革教育的决议和法令，废除封建教育，建立近代教育体系。1912年10月，教育部公布《大学令》〔壬子学制)，1913年经修改后称“壬子癸丑学制”。规定医科分医学、药学二门，其修业年限，医学预科一年，本科四年；药学预科一年，本科三年。该学制一直执行到1922年“壬戍学制”公布为止。但这个新学制未包括中医教育，遭到中医界的反对。1915年9月北洋政府又公布高等文官考试命令，凡在国内外高等学校修习各项专门学科三年以上毕业，并获得文凭者，皆可参加考试。考试分为一、二、三、四等。报考医科的第二试为基础医学，第三试为临床医学。报考药科的第二试为物理、化学、调剂学、生药学、制药学等科目，第三试则为各科的实际操作。1922年11月，北洋政府公布新学制(即《壬戍学制》)规定：大学分为4个层次：1、大学：可设多科或单科，取消预科，学制4～6年，并规定医科至少5年；2、专科学校：学制3年，如超过3年，待遇与大学同；3、大学和专科学校可设立专修科，年限不定；4、大学院(即研究生院)：招收大学本科毕业生，年限不定。1924年2月公布《国立大学条例》，规定国立大学修业年限为4～6年，选科制，考试及格者发给毕业证书，大学院毕业授予学位。北洋政府期间颁布的学制、章程等，主要是抄袭日本的学制，适当地加入了一些我国的教育内容，规定了修业年限与必修科目，从此，我国的医学教育纳入了正规的教育体系。
二、公私立医学校及教会医学校的创办
辛亥革命以后，北京、直隶、江苏、浙江、广东等省先后设立一些国立或公立医学校。如1912年北京成立北京医学专门学校(北京医科大学前身)。1912年杭州成立浙江省立医药专门学校(浙江医科大学前身)。1912年苏州成立江苏医学专门学校(1927年并入上海医学院)。1916年，保定成立省立直隶医学专门学校(1949年4月改称河北医学院)。1921年南昌成立江西公立医学专门学校。1927年创办国立同济大学医学院。1928年创立河南省立中山大学医科。
在此时期，我国还相继开办了一些私立医学院校。1909年，创办私立广东公医医科专门学校(中山医学院前身)。1912年，张謇创办南通医学专门学校(南通医学院前身)。1915年创办私立北京协和医学院。1918年，黄胜白、沈克非等创办私立同德医学专门学校。1930年改称私立同德医学院，院长顾敏琦，学制6年。1919年，辽阳成立私立辽阳医学校(1923年停办)。1920年，上海留日学生顾南群创办私立南洋医学院(1930年停办)。1922年，沈阳成立奉天同善堂医学校(1932年停办)。1926年上海郭琦元创办私立东南医科大学(1930年改称东南医学院)。
这一时期，除原有的一些教会医学校得到发展外，还建立了一些新的教会医学院。如1911年青岛成立德国医学校；美国在福州设立协和医学堂。1914年成都华西协和大学设立医科；长沙成立湘雅医学院。1917年、美、英、加拿大三国教会创办齐鲁大学医科。据统计，1915年美英教会医学校有23处，护士学校36处。十数年间教会医学院校迅速发展，对中国医学教育产生了一定影响。
这一时期，虽然建立了不少各类学校，但由于国家、地方政府对教育经费的投入有限，尤其是一些私立学校，经费多赖学生学费、校方筹募基金、医院收入等，往往无确定经费收入，常有亏空。不少学校实习医院不足，不敷学生实习之用。实验设备简陋，教舍狭窄，教授不少为兼任等因素，造成当时的教育质量不高，影响医学教育的发展。
三、洛克菲勒基金会
“中华医学基金会”与中国医学教育辛亥革命前后是我国近代教育体制重大转变的时期，封建科举制度被废除，近代西方教育制度被引入，就医学教育而言，国家、地方、及私人开办的新式医学校陆续建立，教会及外人办的医学校在调整和扩充。正值此时，美国洛克菲勒基金会(罗氏基金会)介入中国的医学教育，并在相当长的一段时期内，对中国医学教育的发展起到了不可忽视的作用。
1909年盖茨建议洛克菲勒资助东方教育委员会，希望能在中国建立一所纯西方式的大学，以为中国政府提供一个样板并可培养新式医师，但他的计划未被接受。1913年罗氏基金会选举了新的董事会、并成立了国际卫生委员会。作为董事之一的盖茨与另一董事格林(CreeneJD．)再次提出在中国推行现代医学教育的建议。董事会在1914年元月，举行特别会议讨论在中国进行医学教育的问题。同年派遣芝加哥大校长古德森(CudsonHP．)、哈佛医学院医生皮博迪(Peabody FW．)和美国驻汉口领事格林(GreeneRS．)等组成考察团，专门到中国调查医学和医学教育的情况。从1914年4月起，对北京、天津、济南、汉口、长沙、南京、苏州、上海、香港、广州、汕头、福州等地的医学院校和医院进行了广泛的调查研究。10月，考察团向罗氏基金会提交了“中国的医学”的报告。报告指出应在中国办医学教育事业，开展长期、大范围的医学活动，并提出了援助医学校和医院的意见及办法。罗氏基金会随即于1914年12月11日成立了罗氏基金会的驻华医社即中华医学基金会，并任命格林为医社的驻华代表。
1915年夏，中华医学基金会派遣第二个考察团来中国，对中国的医学与医学教育作进一步调查，并建议在北京和上海各办一个医学校。中华医学基金会于1915年与伦敦会协商后达成了接办协和医学堂的协定。除原价购买该校原有房屋地皮设备等财产外，由中华医学基金会负责该校的一切开支，并且着手改组协和医学堂。1928年5月，罗氏基金会决定把中华医学基金会改为社团组织，独立于罗氏基金会，成为直接掌管协和医学院的机构。为此，罗氏基金会于1928年拨款1千2百万美元作为中华医学基金会的基金，用于发展协和医学院及基金会在华进行医学教育活动。中华医学基金会一直受罗氏基金会的直接控制，机构设在纽约，派一代表常驻北京。协和医学院董事会主要由中华医学基金会控制。校董事成员最初均为外国人，1926年始有中国人施肇基参加。1929年之后根据政府规定才有半数以上的国人充任董事，但董事会并无真正独立权力，经费预算及高级领导人员聘用需经纽约方面批淮同意。由于上述机构之间常常出现矛盾，也影响了协和医学院的发展。
1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭，但中华医学基金会仍一直为协和医学院图书馆订购所有外文有关科技期刊杂志，并继续支持内迁至成都办学的护校。1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院。
除协和医学院外，中华医学基金会还对湘雅医学院、国立中央大学医学院、北京医学专门学校、山东齐鲁大学医学院、上海圣约翰大学医学院、香港大学医学校、上海医学院等学校给予过经济资助。也援助过芜湖总医院、南京大学医院、苏州医院、上海红十字会总医院等医疗机构。还支援了中国某些学校和医院的人员到协和医院或到国外进修的机会，通过赠予中国教会医学会(博医会)和中华医学会经费，支援医学名词委员会统一医学名词、翻译医学文献及出版工作。中华医学基金会还支援过定县的农村卫生事业和在周口店开展的古生物学研究工作等，可见中华医学基金会已渗透到中国医学事业的各个领域，对我国近代医学教育和医药卫生事业有着重要的影响。
