1993年Sharp D.等克隆MTP 88kD大亚基的cDNA并进行序列分析，比较人和牛的cDNA表明有88%核苷酸序列相同，在人MTP大亚基的3'末端有基因组DNA编码的18个腺苷酸残基，预测的分子量97kDa，人和牛MTP大亚基单位氨基酸有86%同源性，加上保守性氨基酸替换，人与牛MTP大亚基单位有94%同源性。在核苷酸和蛋白序列数据库中未发现其他蛋白与之同源。
SharpD.等MTP88kD大亚基基因结构进行分析（图7-7）。其基因跨越55～60Kb，由18个外显子组成，外显子1和18也分别包括5'和3'的非编码序列。除掉含非编码序列的外显子1和18，平均每个编码外显子的长度是153bp。
图7-7 人MTP大亚基的基因结构
上线表明基因跨度；第二线为MTP大亚基的18个外显子
示意图；第三四线分别是EcoRI（R）和Hind（H）的酶切位点。
SharpD等早期报道，人MTp cDNA 5'端非编码区有64个核苷酸。用锚定PCR检测MTpcDNA的5'末端，从两个独立PCR产物的直接序列分析揭示，从翻译起始的上游有86bp的非编码序列（见图7-8）。所有86bp5'端非翻译区均编码外显子1，外显子1还有61bp编码信号肽及成熟蛋白2个氨基酸。在翻译起始框外上游25bp有一个ATG，但该处没有适合的起始环境，第二个ATG是真正的翻译起始点。
图7-8 MTP大亚基的5'侧翼序列
转录起始点5'侧翼序列不含TATA盒，但富含AT序列，在转录起始点上游约30bp的AAAGATAAA可能被TATA结合蛋白（TFⅡD）识别。用Nothern blot杂交及分析MTP活性表明MTP在肝和肠表达，在卵巢、睾丸和肾也发现有低水平MTp mRNA表达。计算机辅助分析转录起始点上游743bp序列表明，他与几种已知顺式作用元件同源，可调节MTP组织特性性表达。在转录起始点第一个200bp序列含肝特异C/EBP、HNF-1和HNF-5转录因子识别的上游启动子元件，该区还含有通用转录因子Sp-1和Ap-1识别序列。Sp-1，C/EBP、HNF-1和HNF-5在该区的位点有单个碱基错配。其他比第一个200bp更上游的顺式元件可被HNF-5，C/EBP和CTF/NF-1识别。
MTP大亚基限制性片段长度多态性分析或简单序列的串联重复多态性分析，均可用于调查MTP基因与异常血浆脂类或脂蛋白代谢的联系。CA双核苷酸重复多态性在人基因组随处可见，这种重复可用PCR分析，因而是一种理想的基因标记。为了识别CA双核苷酸重复序列，用一个CA重复的探针来与MTP大亚基因进行杂交，在内含子10发现非完整CA重复结构(CA)4AA(CA)3GA(CA)4TA(CA)nTACA,分析18个不相关个体的36个等位基因表明有8种变异，n从8到17。荧光原位杂交表明MTP大亚基基因位于4号染色体，即4q28-q31。
