SREBPs具有“碱性螺旋-环-螺旋-亮氨酸拉链”（basic helix-loop-helix-leucine zipper, bHLH-ZIP）结构，是bHLH-ZIP蛋白系列的一种。bHLH-ZIP蛋白包含一系列能特异性地和含E盒（e box, CANNTG）的DNA结合的蛋白质，例如：调节免疫球蛋白基因翻译的TFE3，致肿瘤蛋白Myc等。SREBPs虽是bHLH-ZIP蛋白中的一种，但又不同于其他的bHLH-ZIP蛋白。一方面，SREBPs分子量大，含1140个左右的氨基酸残基；另一方面，SREBPs不识别E盒（e box）而特定地识别SRE-1中直接重复的“CAC”序列。
迄今为止，发现有两种SREBPs。一种称SREBP-1，另一种称SREBP-2。SREBP-1又由于其mRNA剪接方式的不同，以三种功能上完全相同，组成上略有不同的形式大量存在，这三种形式的蛋白分别称为SREBP-1a、SREBP-1b、SREBP-1c。其中，SREBP-1a是SREBP-1的主要存在形式，故本文以SREBP-1a为例来描述SREBP-1。SREBP-1a含1147个氨基酸残基。分子量为125kD。至今，还没有发现SREBP-2存在多种不同的剪接后蛋白。SREBP-2含1141个氨基酸残基，分子量为121kD，与SREBP-1a之间有47%的同源性，含高度保守的bHLH-ZIP区，和SREBP-1a的bHLH-ZIP区有71%的一致性。但是SREBP-2含有不同SREBP-1a的谷氨酸富集区（在121个氨基酸残基中含多于27%的谷氨酸残基。SREBP-1a和SREBP-2的氨基酸序列和功能域结构之间的比较参见图7-10（A、B、C）。
图7-10 A：SREBP-2和SREBP-1a氨基酸序列之间的比较
“--”表示二者的相同部分
图7-10 B：SREBP-2和SREBP-1a的bHLH区（粗横线所示）的比较
