医学系统思想来源于行为科学中系统工程思想。过去工程上考虑的方法是“由下而上”、“由细到总”的方法，也就是着眼于一个一个元素（或部分、部件），而系统工程的基本思想正好相反，是从系统总体上、全局上考虑和协调系统中的每一部分。所谓系统，就是由相互联系、相互作用的若干元素组成的，具有一定综合功能和属性的整体。所以系统思想的考虑方法是“由上而下”、“由总而细”。它不只着眼于个别的元素、部件的优良与否，而是要求巧妙地利用元素之间的联系，来大力提高整体的水平。所谓医学系统思想就是把医学研究的对象看作是一个系统整体，并从整体出发研究各要素组成系统的方式。
1.把人当作一个纵横交错的立体网络系统。人体（成人）大约有60万亿个细胞按照严格的分工，特定的结构方式组织起来的。不同的细胞→各种组织→各种器官→某一方面系统，其中神经内分泌系统起着调节作用。从垂直方向确定人体一系列纵深层次：某系统、器官、细胞器、生命大分子及生命量子活动，这些多层次按照一定的联系，形成一个自我更新、自我复制的开放系统。医学研究的任务就是从整体联系的观点出发，一面揭示系统、子系统，以及各级要素、各级层次之间的纵向联系；另一方面又提示系统与系统、子系统与子系统、要素与要素之间的横向联系。
2.生物圈是人类共存和活动的环境。如果把人类和环境作为一个整体加以研究，就可以发现人类和环境又构成了一个有机联系的统一体，这一统一体称为“人类-环境系统”。环境是一个历史发展的综合体，它由各个圈层和生态系统构成。
3.作为关于健康和疾病的整体性和综合性理论的医学系统思想，还必须建立“人类―自然―社会系统”的系统观念。因为致病因子除了细菌、病毒、各种物理化学因子外，社会生活中种种事件，如与家人、邻居、同事之间关系不融洽，工作上不称心，经济上困难，居住房屋上的拥护，都有可能影响他的健康，引起疾病。因此还有一个致病的社会因素。所以研究疾病的发生、发展和转归时，既要重视生理因素，又不要忽视反映社会因素的心理因素的影响，把人的自然属性和社会属性结合起来进行考察，只有这样才能揭示生命活力的本质，探明人类和疾病作斗争的规律性。
