按病因可分为：
（一）自然疫源性（生物源性）
病因为微生物和寄生虫，是一类传染性的地方病，包括鼠疫、布鲁鼠疫、布鲁氏菌病、乙型脑炎、森林脑炎、流行性出血热、钩端螺旋体病、血吸虫病、疟疾、黑热病、肺吸虫病、包虫病等。
（二）化学元素性（地球化学性）
病因为当地水或土壤中某种（些）元素或化合物过多、不足或比例失常，再通过食物和饮水作用于人体所产生的疾病（geo-chemical disease）.
1.元素缺乏性 如地方性甲状腺肿（endemicgoiter）、地方性克汀病（endemic cretinism）等。
2．元素中毒性（过多性）如地方性氟中毒（endemicfluorosis）、地方性砷中毒（endemic arsenic poisoning）、地方性硒中毒（endemicselenium poisoning）、地方性钼中毒（endemic molybdenum poisoning）。
70年代以来被列为我国国家重点防治的地方病有地方性甲状腺肿、地方性克汀病、地方性氟中毒、大骨节病、克山病、鼠疫和布鲁氏菌病7种。
我国地方病分布广，罹患者多，受威胁人口更多。如除上海市外的29个省、自治区、直辖市都有地方性甲状腺肿、地方性克汀病和地方性氟中毒。截止1992年底，地方性甲状腺肿病人仍有700多万，地方性克汀病人25万多，重病区7～14岁儿童智力低下发生率15%，亚临床克汀病人达1000万左右，受威胁人口达4.2亿。地方性氟中毒病人中氟斑牙患者4186万，氟骨症200万左右，受威胁人口3.7亿。全国10多个省、自治区、直辖市有大骨节病（14个省、自治区、直辖市）、克山病（15个省、自治区、直辖市）及鼠疫（17个省、自治区）。大骨节病受威胁人口达1亿，患者200多万，克山病受威胁人口8290万，患者近年来已明显减少，而鼠疫到1992年仍有4个省、自治区7个县发生人间鼠疫11起，发病37人，死亡5人，比1991年上升，且以云南为主。布鲁氏菌病主要流行于牧区，1993年近1400个疫区，其中的1/2县已达控制标准，1/7县达稳定控制，全国发病率低于0.2/10万。
