心理-社会因素以各种信息影响大脑皮层的功能，而大脑皮层则通过植物神系统、内分泌系统、神经递质系统和免疫系统这些重要的生理中介机制，影响内环境的平衡，使靶器官产生病变。
1．植物神经系统 当植物神经系统的功能发生过于急剧或持久的改变时，即可能造成心、肺、胃、肠、血管、腺体、皮肤、肌肉等器官和组织持久的活动过度或不足，导致品质性病变，这就是心身疾病发病机制的早期假说：心理因素—大脑皮质功能改变—植物神经功能改变—内脏功能障碍—内脏形态学改变。如结肠过敏症等。
2．内分泌系统 内分泌系统在维持内环境稳定方面起着重要作用。在情绪应激下，内分泌系统功能很容易发生变化，焦虑、忧郁等情绪反应都可以用17-羟固醇来判定其程度。可见，心理因素或情绪状态与内分泌功能状态之间的相互影响在心身疾病的发生发展过程中起着重要作用。
3．神经递质系统 在情绪应激时都伴有中枢儿茶酚胺浓度的升高，另一中枢神经递质——5-羟色胺的水平下降。中枢神经递质的改变，可以继发地导致植物神经功能和内分泌腺活动的改变，并可相互影响、相互制约，这些改变在心身疾病的发生发展过程中都起到一定的作用。
4．免疫系统 在社会心理应激情况下，可影响到T细胞的功能，导致免疫功能的紊乱或减退。
