流行病学逐步发展成为一门方法学。流行病学有其本身的理论，并有广泛的用途；流行病学研究方法不仅应用于预防医学各分支学科，而且广泛应用于临床各科中，即应用流行病学方法来研究各医学领域中疾病或异常生理状态在人群中的分布、病因、机理或防治效果的考核等。
（一）从描述到分析研究
在疾病的动态描述上，流行病学研究方法已从对疾病的一般描述性调查，即描述流行病学的病因定性分析，发展到对疾病的定量研究。应用此类分析研究方法，已探明不少原因不明的疾病的病因。
（二）从单因素分析向多因素分析发展
过去研究传染病的流行病学，以单因素的研究为主。随着研究病种的扩大，有些疾病其构成的因素是多方面的，因此必然向多因素分析研究发展。
（三）由单学科向多学科发展
随着流行病学研究领域的扩大，流行病学涉及范围日益扩大，不仅与医学的许多学科有密切的关系，而且在进行调查研究和分析疾病分布规律时，与非医学的学科也有关系，必然向多学科发展。
（四）研究方法运用现代先进技术
新技术的发展和使用为流行病学的研究提供了新的武器。如应用电子计算机进行疫情预测，采用放射性同位素标记血清、细菌、病毒、激素、染色体进行流行病学调查。利用单克隆诊断、治疗、预防传染病和诊断、治疗一些肿瘤等。
（五）理论流行病学的研究和应用
理论流行病学是用数学模型的研究方法，揭示各项因素疾病频率之间、各因素之间的定量关系。
（六）从被动的观察调查发展到主动的疾病监测
通过一定组织机构对某些疾病的分布从各方面收集有关资料，不断进行观察和调查，以便采取防治对策，并对防治效果和效益进行评价。目前已从传染病监测扩大到非传染病监测。
