如严格的隔离消毒制度、无菌操作规程、家属探望制度、病区清扫制度、污物处理制度、合理使用抗生素及限制性使用抗生素制度、高危病人定时巡视制度、高危病区（如手术室、新生儿室、术后监护室）严格消毒制度等。
隔离包括传染源隔离和反隔离（将非传染病病人与有传染可能的人隔开，以免遭病原体侵袭）。
入院时已确诊为传染病者均应进行分类，进入相应的传染病病区。隔离时间和长短视疾病传染期长短和药物治疗效果而定。
对大面积烧伤、粒细胞缺乏症或严重免疫缺陷病人“反隔离”更为重要，但这类病人往往由于他们自身带到医院的病菌引起感染。
当隔离一旦失败或发现有病人已患某些可引起院内感染的疾病并可危及医务人员和其他高危病人时，应采取积极措施预防病情扩大和疾病播散。例如对某一常见传染病，尽可能动员易感儿童及早出院或在潜伏期的后半阶段置于隔离室。
